洪武时期，天下既定，各地陆续设置卫所，军民分籍，便不再采用召募的方法凑集军队了。宣德以后，伴随着边境紧张局势的步步升级，卫所制的日益废弛，募兵便作为兵力的重要来源而受到越来越普遍的关注。
大规模的募兵，出现于土木之变后。到正德时期，募兵主要由地方行政系统管辖。
这一时期的募兵，寓兵于农，兵农合一。募兵秋冬操练，春夏务农，或冬春操练，夏秋务农。
在北部边镇，因战事需要，部分募兵由卫所代管，但并不直接补为卫所军，明中期以后，民兵补充到卫所军的不足，参与卫所军的诸项事务。
嘉靖以后，募兵作为救急良策在全国广泛采用，人数众多，在明朝军队中占有相当大的比重。
嘉靖东南倭患，使用了大量募兵，人数不下数十余万。这一时期募兵与政府是雇佣关系。
因此，嘉靖以后的募兵已不再像明中期的募兵用免户丁徭役和免租粮的形式进行优免了，而且只免本身差徭。
募兵不等于营兵，募兵是营兵的主要来源，但有部分募兵隶于卫所。
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由卫所官召集的募兵一般隶属卫所，卫所官负责召募，经督抚批准即可。
隶属于卫所的募兵有两种情况，一是不入卫所军正额，由卫所代管，二是卫所军被抽调到别处使用，以募兵来补足原因。
都指挥使司为明代地区军事总机构，长官有都指挥使1人（正二品）、都指挥同知2人（从二品）、都指挥佥事4人（正三品），其属有经历司经历（正六品）、都事（正七品）。
断事司断事（正六品）、副断事（正七品）、吏目各1人。司狱司司狱（从九品），仓库、草场、大使、副使各一人。
行都指挥使司，设官与都指挥使司同。长官之中有一人统司事，称掌印，简称都司，位次在布、按两司之上。
《明史·职官志五》说：“都司掌一方之军政，各率其卫所以隶于五府，而听于兵部。”
卫指挥使司设官与京卫同。外卫皆统于都司及行都司。卫以下为千户所，千户所又辖百户所。千户所有正千户1人（正五品），副千户2人（从五品），镇抚2人（从六品）。
其属吏目1人。千户所辖百户所10个，共有百户10人（正六品），总旗20人，小旗人。
刑狱则归镇抚掌管。凡卫所皆隶于都司，而都司又分隶于五军都督府。
自卫所以下，其官兵多世袭，这是明代特殊制度之一。
都督府的都督名称后来变为空头的官阶，而统兵之官则须别加总兵、副总兵、参将、游击将军、守备、把总等名目。
《明史·职官志五》：“总镇一方者为镇守，独镇一路者为分守，各守一城一堡者为守备，与主将同守一城者为协守。
又有提督、提调、巡视、备御、领班、备倭等名。凡总兵、副总兵一职均须有公、侯、伯、都督爵衔者充任。
其总兵挂印称将军者，云南曰征南将军，大同曰征西将军，湖广曰平蛮将军，两广曰征蛮将军……其在蓟镇、贵州、湖广、四川及儹运淮安者，不得称将军挂印。宣德间，又设山西、陕西二总兵。
嘉靖间，分设广东、广西、贵州、湖广二总兵为四，改设福建、保定副总兵为总兵，又添设浙江总兵。万历间，又在临桃、山海增设总兵。至明代末年，总兵官增置繁多，不可胜记。
总兵在明代本为无品级之差委，至清代则为正二品的正规武职。
此外，还有军民府、土州、土县，其官员设置，与府、州、县制相同。
明代镇戍制度，凡边塞，沿海及西南少数民族地区的要害地方，平时都设重兵镇戍。
而永乐以后，建都北京，三面近塞，故边防尤重。当时边防，动起鸭绿江，西抵嘉峪关，绵洹万里，分地守御。
初设辽东，宣府，大同，延妥四镇，继设宁夏，甘肃，蓟州三镇，又以山西镇巡统驭偏头三关，陕西镇巡统驭固原，亦称二镇，是为九边。
其沿海一带，则自广东乐会接越南界五千里抵闽，又二千里抵浙，又二千里抵南直隶，又千八百里抵山东，又千二百里逾庐龙抵辽东，又千三百余里抵鸭绿江，故海防亦重。
自嘉靖中，倭寇肆掠，前后共设七镇，而守备，把总分守巡徼会哨的不下数百员。至于西南四川，云南，贵州，湖广，广西等省少数民族地区，也都扼险设镇戍守，以行对少数民族的Ｚ压政策。
计明万历，天启间，全国共设蓟州，昌平，辽东，保定，宣府，大同，山西，延妥，宁夏，甘肃，陕西，四川，云南，贵州，广西，湖广，广东，浙江，福建，山东等二十镇。
其中属东北，西北边防的共十一镇，属东南海防的共四镇，属西南少数民族地区的共五镇。
因为明代建立镇戍的用意，原是为的要厚集兵力保卫国防而设的，至于对Ｚ压内地人民，备有一般兵防便可以应付，所以腹里省分如安徽，江西，河南等省，都不设重镇。
这个镇戍制度，有一个优良的功能，便是平时镇戍重兵于要害，到有事的时候，既免临时争调，得以逸待劳，而诸镇声势联络，易收应援夹击之功，复可节省兵力。
明代边防，海防，远的万里，近的也数千里，而置兵不多，防戍暇整，即深得此制的功用。