回到领地的亨利四世首先平定了国内叛乱，接着兵发意大利攻打教皇国，教皇格里哥利仓皇逃离罗马。
1138年，法兰克尼亚王朝末代皇帝亨利五世绝嗣，土瓦本公爵“红胡子”腓特烈一世继承帝位，霍亨斯道芬王朝建立。腓特烈先后六次远征意大利，一度恢复了北意大利的领导权。腓特烈一世和英格兰“狮心王”查理一世、法兰西“狐狸”腓力二世在1189年一同领导了“第三次十字东征”，他们三人也被称为“中世纪三大着名君主”。
也正是在腓特烈一世在位期间，东法兰克帝国获得了“神圣帝国”的称号。神圣罗马帝国的皇帝长期与教皇争夺权力，以至于帝国内部的诸侯多如牛毛。到了1356年，查理四世颁布了“黄金诏书”，规定了以后的皇帝必须从七大诸侯中选出，天主教教皇不得干涉。
1438年，哈布斯堡家族的奥地利大公--阿尔布雷希特当选为神圣罗马帝国的皇帝，从而开启了神圣罗马帝国长达400多年的哈布斯堡王朝的统治。
1517年，教皇利奥十世为了敛财，派人到德意志地区兜售“赎罪券”并宣称，只要购买了“赎罪劵”的人就可以洗清自身的罪孽而升入天堂，呵呵。1517年10月31日，忍无可忍的维滕堡大学神学教授马丁·路德在威登堡教堂门前贴出《九十五条论纲》，揭开了天主教改革的序幕。于是，一场轰轰烈烈的宗教改革运动席卷欧洲，各路诸侯纷纷瞄准了资产丰厚的教会资源。基督新教与天主教展开了生死搏斗。
1618年，神圣罗马帝国的皇储费迪南二世被任命为波西米亚国王，结果波西米亚的新教贵族将帝国的使臣抛出窗外，“抛出窗外事件”发生后，波西米亚宣布独立。新教与传统天主教终于在神圣罗马帝国内部爆发内战，战争持续了三十年，史称“三十年战争”。
斐迪南二世联合南部诸侯组成了“天主教联盟”，波西米亚王国连同北方新教诸侯以及英国、荷兰、丹麦等国组成了“新教同盟”，与哈布斯堡家族有血缘关联的西班牙后来加入了“天主教联盟”。到了战争中后期，“天主教联盟”逐渐占据上风，就快分出胜负的时候，同为信奉天主教的法国担心哈布斯堡家族的势力在欧洲进一步扩大，毅然加入了“新教同盟”，把“新教同盟”不利的局面一举扭转过来。
双方最终签订《威斯特伐利亚合约》，三十年的宗教战争宣告结束，神圣罗马帝国实力遭受重创。