因此，当公元前539年波斯居鲁士二世率军大举入侵巴比伦尼亚时，虽然巴比伦城有两道围墙环绕，还有一条护城河包围，本是十分牢固、固若金汤的，但祭司竟打开大门放波斯军队入城，伯沙撒被杀，那波尼达被俘，新巴比伦王国存在了不到一百年便灭亡了。
新巴比伦王国虽然为时短暂，但它存在的时期却是两河流域历史上奴隶制经济最繁荣的时期，它在两河流域历史上留下了深深的印记。新巴比伦王国的灭亡，标志着两河流域历史独立发展的完结。从此它被一个个的外族入侵和统治，直至公元7世纪阿拉伯人入侵并统治这里。
考古发现：19世纪下半叶，在巴格达附近发掘出很多泥版和圆柱，使人对古巴比伦的历史认识大增。其中之一是深具价值的一份文献，称为拿波尼度编年史，现今收藏于大英博物馆。巴比伦王拿波尼度曾与儿子伯沙撒共同摄政。但他比儿子活得更久，后者于公元前539年10月5日的晚上在居鲁士手下的军队攻陷巴比伦时被杀。拿波尼度编年史就巴比伦的陷落提供一项注明日期的记录，帮助确定事件发生的时间。
两河流域南部一向是社会经济十分发达的区，农业、手工业和商业贸易有很好的基础，过境贸易也十分发达。又加上尼布甲尼撒二世牢固地控制叙利亚巴勒斯坦地区，使两河流域同地中海的联系畅通无阻，更加促进了它的商业贸易的发展。
当时巴比伦、尼普尔、乌鲁克、西帕尔、波尔西帕等城市都是十分发达的手工业和商业中心。这时的铭文中提到了多种手工业部门，如制革、服装、糕点、烤面包、纺织、建筑、……等。这些城市在国家经济生活中起了重要作用，并因而在政治生活中也起了重要作用。它们享有免税特权，有自己的自治组织。在商业贸易中，作为商品的，除手工业产品外，还有农产品（粮食、枣柳子、蔬菜等）。
商品货币关系发达的一个重要标志是大商家的出现。在新巴比伦王国时期活动的有一个着名的大商家，这就是埃吉贝商家。该商家的活动虽开始于亚述帝国时代，但只是在新巴比伦王国时期才活跃起来。该家族的档案现存于世界各博物馆中的有1千多块泥板。从该家族的档案可知，其经济活动的地区很广：巴比伦、西帕尔、基什、乌鲁克，甚至延伸到了国外。在波斯帝国征服巴比伦尼亚之后，其角触伸展到了伊朗高原。该家族的业务活动包括银钱借贷、商业活动、土地、房屋的买卖、租赁、奴隶的买卖和出租等。其商业经营的品种包括枣柳子、谷物、金属、金银项链、宝石、啤酒等。埃吉贝商家不仅自己直接经营各种业务，而且还由奴隶代理人去经营。埃吉贝家族的几个奴隶代理人的铭文也保存了下来。
新巴比伦王国时期，南部两河流域的奴隶制达于繁荣时期。这时，奴隶的人数大量增加，王室和神庙都拥有成百的奴隶，一些私人也拥有几十个、上百个奴隶。例如埃吉贝商家在一次分配遗产时，就有100多个奴隶被分配。该商家拥有的奴隶最多时曾达200个以上。
奴隶的来源有战俘奴隶、债务奴隶、家生奴隶、购买来的奴隶，以及将孩子变为奴隶等，而且是终生的。此时，奴隶被用之于从事农业、手工业、商业贸易、家务等各种劳动，还用以作为妓女。
新巴比伦王国时期，在更广泛的范围内实行了亚述帝国时期让奴隶独立经营的剥削方式，即不仅让奴隶独立租种土地，还允许他们经商、开办手工作坊、放高利贷、开办钱庄等。
有的奴隶在独立经营时，积累了一定的财富，并用自己积累的财富购买奴隶，从而也成了奴隶主。如希利姆—贝尔的奴隶纳布—列姆苏昆用六分之五明那银子购买了属于纳布—艾提尔的奴隶纳布—努—萨里姆，在此奴隶手上烙有苏姆—乌初尔之子沙马什—伊布尼的名字。
有的奴隶成了自己主人的业务代理人，如上面提到的埃吉贝商家，先后有几个着名的奴隶一代理人：纳布—乌提尔、涅尔伽尔—利初阿、达维恩—贝尔—乌初尔等。他们在为自己的主人经营各种业务时，往往也利用自己积累的财产经营商业、高利贷业务，赚取利润。如纳布—艾提尔，是埃吉贝商家的后代伊提—马尔都克—巴拉吐活动初期（公元前547--530年）的奴隶代理人，埃吉贝商家档案中的不少文件都与他的活动有关。
尽管新巴比伦王国时期有的奴隶可独立经营，并获得了一定的财富，甚至也占有了奴隶，或雇佣奴隶和自由民劳动，但这些奴隶就其地位而言，仍然是其主人的财产。独立经营的奴隶在与其他人发生经济联系时，只能用自己的财产去抵押，因为他的人身不属于他自己，而是属于他的主人。这些独立经营的奴隶，除向主人交纳地租或利润之外，还要交纳人身租。一个奴隶一年的人身租为12舍克勒左右，大约相当于一个雇工一年的工资。这种人身租是奴隶主对奴隶拥有所有权的经济表现。人身租往往以债务的形式在契约中表现出来，即写明奴隶欠其主人多少舍克勒银子，必须偿还。独立经营的奴隶所积累的财产，其最终所有权也仍然在其主人手中，主人可将其收归已有。即使一些富有了的奴隶代理人，主人在分家折产时，也会将他们作为财产分掉，或作为财产转让给他人。如达雅恩—贝尔—乌初尔，他原是伊提—马尔都克—巴拉吐的岳父伊丁—马尔都克的财产，是作为他女儿的嫁资转让给他的。后来在公元前508年分配财产时，他及其家庭又作为主人的财产转给了别人。
新巴比伦王国时期，奴隶作为主人的财产，可以买卖、转让、继承、出租和抵押。奴隶身上烙有作为奴隶的标志或其主人名字的印记。有的奴隶甚至烙有两个印记，即当奴隶出卖、转让时，他身上除原有主人烙的印记外，又要烙上新主人的印记。
因此，新巴比伦王国时期奴隶与奴隶主的矛盾仍然十分尖锐。虽然没有奴隶起义的资料，但奴隶常常以否认自己的奴隶身份的形式，或以逃亡的形式表明自己的反抗。有的奴隶甚至在主人已经写了让其有条件的自由的文件后还逃跑了。
在尼布甲尼撒二世统治时期，新巴比伦王国臻于鼎盛，政治相对稳定，而经济亦有较大发展。这时的奴隶制度起了很大的变化，奴隶可以经商，租种主人或他人的土地，并能与自由民订立契约，但所得的利益大多归于主人。神庙则拥有大量土地，并经营商业和手工业。
在城墙建设方面，尼布甲尼撒二世将巴比伦城建成像堡垒般的城市，而且城墙宽阔至连马拉的战车亦可以在其上奔驰。城门皆以铜制成，而且倚靠幼发拉底河，以其作为抵御外敌的护城河。
巴比伦城被建设得宏伟壮丽，直到100多年后，希腊历史学家，被称为“历史之父”的希罗多德来到巴比伦城时，仍称它为世界上最壮丽的城市。
尼布甲尼撒二世为了其妻子，米底的公主不再有思乡之苦，于是为其建造了一个满是奇花异草，并用螺旋泵不断地从幼发拉底河里取水作灌溉的花园。这个花园远看起来就像位于天空中般，因此被称为空中花园。内里亦有着富丽堂皇的宫殿，使得尼布甲尼撒二世和王后可以在宫殿里饱览全城的景色。这个空中花园名满天下，被后世誉为古代世界七大奇观之一。