生物污染也可能威胁到虎鲸及其栖息地和猎物的健康。这些污染物的形式可能是由于人类活动（例如宠物、牲畜、迁徙、息地变化），使用抗生素或外来物种而产生的具有强力，抗药性的细菌菌株“溢出”病原体。由于人类活动（例如干扰，过度捕捞，栖息地破坏，气候变化或污染等人类活动）改变了自然发生的宿主与病原体的关系，因此新兴传染病日益成为海洋生物关注的焦点。其免疫系统受到化学污染物损害的虎鲸可能越来越容易受到生物污染物的侵害。
海洋哺乳动物，包括虎鲸，由于鼻窦和中耳中充满空气的空腔，肺部和肠道中的小气泡，特别容易产生共振。虽然高强度声音对鲸类动物造成致命和亚致命影响的机制尚未完全了解，但是人为的噪声源很大，特别是中低频军用声纳，已经牵涉到世界范围内的大规模搁浅和死亡事件，这个问题迫切值得进一步研究。已经受到人为压力源（例如环境污染物）影响的动物可能特别容易受到其他压力（例如噪声）的影响。
持久的生物蓄积性污染物对某些虎鲸种群构成严重的潜在风险。罗斯等2000年报告说，在频繁走访加拿大不列颠哥伦比亚省沿海水域的3个虎鲸种群中（2个居留鲸种群和1个过客鲸种群），多氯联苯的总浓度非常高。过客鲸由于在海洋生态系统中的高度营养地位而特别受到污染。在大多数采样的虎鲸中，多氯联苯的含量都高于确定的对海港海豹产生不利影响的水平，这表明该地区的大多数散养虎鲸都有毒性作用的风险。南部居留鲸和加拿大不列颠哥伦比亚省和美国华盛顿州的过客鲸被认为是世界上pcb污染最严重的鲸类之一。2016年在欧洲的虎鲸中发现了很高的平均脂类多氯联苯浓度。北大西洋东部的虎鲸种群少或正在下降（例如与直布罗陀海峡有关的很小的种群），这与多氯联苯引起的生殖毒性相一致。同样，与pcbs一样会引起免疫毒性，神经毒性和生殖损伤的多溴联苯醚含量增加，已成为不列颠哥伦比亚省和华盛顿南部居留鲸的关注点。
在虎鲸有待观鲸旅游的地区，干扰也是另一个问题。移动的船只可能会破坏觅食和休息，水下的船噪声会影响鲸鱼的社交和回声定位信号，或者以其他方式干扰觅食。例如，已经证明，观鲸船的近距离进近可导致不列颠哥伦比亚省居留鲸的回避反应，这对经常从事这种活动的鲸鱼来说可能是高昂的代价。虎鲸附近的快艇也有发生船只撞击的危险。
在某些地区，与运输和其他船只交通相关的环境噪声水平不断提高的潜在干扰和声掩蔽效应正在日益引起人们的关注。在船舶活动频繁的地区，干扰响应和回声定位信号的掩盖可能会破坏觅食行为并减少猎物的捕获，并可能对虎鲸数量造成影响。
各种各样的威胁可能会直接影响加拿大卑诗省北部和南部的虎鲸种群，特别是因为它们的种群规模很小。威胁包括环境污染物（包括漏油事件），猎物可用性降低，干扰和噪声污染，下面将对每种威胁进行详细讨论。在以科学为基础的南方居民杀人鲸的恢复行动审查中，发现了另外一个新出现的威胁，即船只停泊。诸如渔具死亡率之类的其他威胁也对其他地区的鲸类种群构成了威胁，并有可能影响居留鲸。气候变化正在影响整个生态系统，为了生存，虎鲸必须适应当地猎物种群变化的后果。这些威胁如何协同作用以影响虎鲸尚不得而知，但在其他物种中，多种应激源已显示出强烈的负面影响，甚至具有致命的影响，尤其是当动物携带高水平的环境污染物时。评估鲑鱼种群的状况及其在生计对于虎鲸的可用性很难解释，而且常常充满争议。直到20世纪中叶，由于过度捕捞，栖息地退化，山体滑坡限制了产卵场的进入以及海洋生产力的变化，许多野生鲑鱼种群出现了显着下降。
所有鲸类动物，包括居留鲸，都受到越来越多的船只，飞机和人为噪声的干扰。由于私人和商业船只的运输量都急剧增加，虎鲸必须在日益繁忙的水域中航行。人类的挖泥、钻探、建筑、地震测试和军用声纳等工业活动，以及其他使用中低频声纳的船只，也会影响声学环境。物理或声音干扰可以在个体和数量层面上影响居留鲸的方法尚不清楚，但可能取决于干扰是慢性的（例如船只过往）还是急性的（例如声纳的地震调查）。
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