宋代科举在考试内容上也作了较大的改变。宋朝加强了科举考试中策论的地位和重要性。[83]熙宁四年（1071年）宋神宗与王安石正式推行科举改革：科举只设进士一科，将原来的明经、学究等科（泛称“诸科”）都撤消并入进士科；废除诗赋、帖经墨义考试，改试经义、论、策；殿试仅试策一道。王安石改革科举的重要目的是统一思想、学术。
科举考试前期重在诗赋论策，后期重在经学，王安石废诗赋考经义，正是这一转变的枢纽。元、明、清以程朱一家之说严酷统制知识分子思想，也由王安石用《三经新义》、《字说》等统制学校、科举而开其先河。明清科举所重的“八股文”，正是直接从王安石制定的“经义“演化而来的。
王安石的改革，遭到苏轼、司马光等人的反对。宋神宗死去，高太后”垂帘听政“，司马光当宰相，推翻了科举改革，仅保存了新法以经义取代墨义的部分。元祐四年（1089年），由于经义取士推行了十多年，许多士人已不长于诗赋，因此宋朝又将进士分为诗赋、经义两科。元祐八年（1093年）高太后病死，宋哲宗亲政，又恢复了王安石所定的科举规制
北宋取消了吏部铨试。但是从宋太祖开始殿试举人，给士子们在省试上增加了一道难关。不少人省试通过了，殿试却遭黜落。宋人的《邵氏见闻录》与《燕翼贻谋录》等书记载：“本朝自祖宗以来，进士过省赴殿试，尚有被黜者。远方寒士，殿试下第，贫不能归，多有赴水死者。”皇帝用殿试取黜士人，那么落第者的怨愤必定直接指向皇帝。有个叫张元的士人，多次殿试落第，愤而投奔西夏，帮西夏出谋划策，西夏军连年侵宋，宋军迭遭惨败，闹得北宋君臣不安，大臣们都怪殿试黜落士人。于是宋仁宗嘉祐二年（1057年）正式下诏“进士殿试，皆不黜落”，此后举人通过省试后，就算稳拿进士，殿试只排列名次。
宋朝大幅增加了科举录取名额，宋太宗在位二十二年，仅进士一科取人近万名，平均每年达四百五十余人。唐朝总共取进士总数才六千多人。宋仁宗对进士名额做了限制，规定每科不超过四百人。按三年一科算，平均每年仍达一百三十多人。宋朝平均每年取进士数是唐朝每年取进士数的十几倍。
宋代科举是为有钱人家所包揽的。[44]吕蒙正、范仲淹、欧阳修等寒士在科举及第者中是极少数，而且他们也并非贫苦农民出身。科举所需的经济开支，的确不是一般农家所能负担的。[44]三苏父子本是四川眉山县的殷实人家，嘉祐元年（1056年）苏洵携儿子进京赶考，苏轼兄弟虽金榜题名，然而家当也开销的差不多了。次年苏洵之妻病死眉山，父子三人奔丧回籍，家中已是一派“屋庐倒坏，篱落破漏，如逃亡人家”的惨景。[43]这还不包括十年寒窗不事生产的花费。小户人家岂敢问津如此科举？北宋科举名额的扩大几乎把全社会的读书人都吸引了进去，科场竞争激烈，士人头白身衰，出入科场，死而后已。而在唐代，科举还不是士人的唯一出路，还不足以吸引整个知识阶层。
宋代科举杜绝引荐，纯以试卷定取舍，但考试内容的不合理却因此更加突出，诗赋、经义并不是选拔人才的科学尺度。像王安石、苏轼兄弟、范仲淹这样兼长文学与政事的人才，实在是凤毛麟角。唐代“通榜”办法允许考官有较大的自主权，只要考官正值，就能选出那些虽不长于文词却德才兼具的士人，唐代政绩卓著的卿相大臣比宋代多。而宋代科举一决于考卷，便使不长于文学的才能之士难于出头，而单有文采却不懂治国理民的人可能选在高第，例如黄庭坚、张九成等等。
而弥封、誊录这些法律随着南宋政治腐败而日益受到破坏。北宋统治者为了笼络知识分子而全面扩充科举取士名额，由此形成后期封建社会的一大普遍弊端，即严重的冗官问题。由于宋代进士录取额是唐代的十多倍，为了安插众多科举入仕者，宋朝大幅增加官僚数量，两宋的官吏队伍空前庞大臃肿，行政效率极低。宋代科举取士之滥，造成官冗之弊，许多官员侯缺久，生活苦难，一旦到任，“侵渔求取“（侵夺索取别人的所有），“无所不为”（什么坏事都做），剥削无所不至。
中落
元代
从端平元年（1234年）蒙古灭金，到延祐元年（1314年）元朝开科举，北方的蒙元统治区域内长达八十年之久停废科举，这是整个中国科举史上最长的一次中断。[45]元仁宗延祐二年（1315年），元朝的首届科举会试开场。元朝科举每三年一次，分乡试、会试、殿试三级。乡试即唐宋时的发解试。蒙古人、色目人只试经义、对策二场；汉人加试一场，为赋与杂文各一篇。乡试在各省举行，每年八月选出举人三百名赴京师会试。会试在次年二月举行，内容跟乡试一样，取进士百名，蒙古、色目、汉人、南人各占二十五名。殿试在同年三月举行，试策一道，蒙古、色目人的题目与汉人、南人不同。殿试不黜落，只定名次。殿试结果分左、右两榜公布，蒙古人、色目人五十名列右榜（元代以右为尊），汉人、南人五十名列左榜。其目的是保护蒙古、色目人的民族特权地位。
元朝科举体现出的巨大的民族不平等，左右两榜数量名义上相等，而汉人、南人的人口总数却不知比蒙古、色目人超出多少倍。元朝共举行十六届科举，仅元统元年（1333年）、至正十一年（1351年）两届取足百名进士，其余十四届均有许多空缺。例如延祐二年录取的进士仅五十六人。元朝科举名额经常空缺的原因，并不是汉人、南人中缺乏合格的人选，而是因为蒙古人、色目人考生中实在难以选满150个乡试名额及50个进士名额，那就只能让汉人、南人的乡试、会试名额中空缺同样的数量，以维持四等人入选数量的均衡，防止汉人、南人占有科举优势。
名义上左、右两榜的第一名都算状元，但实际上只有右榜蒙古人、色目人的状元才算真资格。元朝是不重视左榜汉人、南人的状元的。蒙古人被称为“国人”。蒙古人朵烈图考中右榜状元，程端礼说：“唯蒙古生得为状元，尊国人也。”
蒙古、色目考生的试题难度低，考试也少一场，但授官职却比汉人、南人进士高。而且蒙古、色目考生参加汉人、南人同样难度的考试时，中选后更加一等授官。元朝科举不仅对蒙古、色目考生多方优待，对汉人、南人考生严加限制，而且还故意在左榜汉人、南人中间制造隔阂，挑起矛盾，让汉人压制南人。元代科举规定南人只占左榜名额一半，并且左榜状元亦不取南人。
即使侥幸中了进士的汉人、南人，其政治前途也极为有限，“台、省要官皆北人（蒙古、色目）为之，汉人南人其得为者，万中无一二，不过州县卑秩，盖亦仅有而绝无者也”。至正八年（1348年），王宗哲在乡试、会试、殿试皆名列第一，称为元代唯一“连中三元”的进士，这种人在宋代都是迅速飞黄腾达登上首辅大臣之位的，然而王宗哲在元朝官场中却碌碌不见称道。[48]
元朝的科举并未改变元朝官僚机构中绝大部分为蒙古、色目贵族和受提拔的胥吏占有的情况，这一点是元朝吏治比其他封建王朝更加腐败黑暗的基本原因。元朝上层的蒙古、色目贵族，多是文化水平浅陋、不识时务、贪婪昏庸之辈。元朝大量的中下级官吏则由州县衙门的刀笔胥吏提升而来，这批人缺乏封建道德和知识教育，专以盘剥敲诈为务。历代封建王朝对贪官都有严刑惩治的明文，惟独元朝不给官吏发放俸禄，官吏所辖州县类同封建采邑，等于公开放纵官吏“吃人肚皮”。元成宗大德七年（1303年）偶尔检查吏治，一次发觉贪赃官吏一万八千四百七十三人，冤狱五千一百七十六件，这仅仅是揭露出来的中下级官吏之一部分，有势力的上层贵族更不在其中。元朝这种排斥科举取士，上层用贵族、下层用胥吏的仕进制度，违背当时中国国情，是不可能长治久安的。
鼎盛
明清
朱元璋能成为276年天下的大明王朝开国皇帝，首先就是因为他最大程度地获得了儒生的助力。朱元璋建立明朝，即于洪武三年（1370年）诏开科举，规定“中外文臣皆由科举而进，非科举者勿得与官”。但朱元璋不久又认为所取举人进士少实才，朱元璋宣布停罢科举，科举一停达十年之久。洪武十五年（1382年）朱元璋又宣布恢复科举。洪武十七年（1384年）明朝公布《科举成式》，基本制定了明朝此后二百五十多年的科举成文法规。清朝大体照搬明朝成例，明清科举一脉相承，达五百多年。
明清时代的科举成为一个层次、等级、条规、名目繁多苛严的庞大体系。明清科举有童试、院试、乡试、会试、殿试五级，其中往往又分层次。
童试：明清最初级的地方县、府考试，通过县、府两次考试者，成为童生，表明已具备基本的文化知识和写作能力。但很多读书人考到须发皆白，仍是一介童生。
院试：在府、州的”学院“举行，又分为“岁试”、“科试”两级。岁试是每年举行的童生“入学”考试，录取后即为“生员”，通称“秀才”。科试则是对已在学校的秀才进行考试，成绩优者方可参加下一级考选举人的乡试，成绩劣者要受处罚甚至取消生员资格。科试也称为录科。只要考取了生员，就算脱离平民阶层，称为“士”了。清顺治九年（1652年）的“训士规条”称：对学校生员“免其丁粮，厚以廪膳……各衙门官员以礼相待”[52]，“生员如果犯事情重，地方官先报学政，俟黜革后治以应得之罪；若词讼小事，发学责惩，不得视同齐民一体扑责”[53]，即生员享受免丁粮（免役税）、食廪（国家供给衣食，优厚者称廪生，次一等为增生，初入学生员无廪膳、称附生）、政治司法特权（官员以礼相待，生员见官不必下跪，生员犯法地方官须先报学官才能处理，不得像对一般百姓一样施用刑具）。
乡试：又称为大比、秋闱，每三年一次。乡试三场，分别在八月初九、十二日、十五日。明清乡试录取举人名额由中央规定下达，各省按人口多少分别为数十名到一百数十名不等，全国录取总额为一千人至一千二三百人。由于考取举人即具备做官资格，乡试可说是明清科举最重要也最艰巨的一关。乡试之榜明清时称乙榜，乡试则称乙科，与进士会试的甲榜、甲科相对。举人第一名称为解元。
会试：乡试后次年的二月初九至十五日举行于京师礼部，又称春闱、礼闱。会试三场的内容与乡试一样，明清每科会试录取进士约二三百人。明清会试正榜以外一般还有副榜。录入副榜的举人虽不算进士，但可以授予学校教官或其他较低级官职，或吸收入国子监为监生，获得国家一定的俸禄。
殿试：明清科举的最后一级考试，在会试后一个月即三月十五日举行。殿试内容试时务策一道，试题由内阁大臣预拟数种，临时呈皇帝圈定。明清殿试一律不黜落，只排定名次。状元、榜眼、探花等前三名列为一甲，算是进士及第；第二甲若干人，算是进士出身；第三甲又若干名，算是同进士出身。三月二十五日，新进士和殿试官员在礼部享受御赐“恩荣宴”。宴后陆续进入封官任用阶段。一甲的三名进士一般授予翰林院编修等清要之职，其余进士往往还要进行一次馆选或朝考，然后结合殿试名次，分别授予官职，优者亦进入翰林院。
明、清两代都实行“科举必由学校”之制，参加乡试的士人，必须是官办学校的生员；地方学校的优秀生员，可以报送到京师国子监读书，而国子监生则可直接选授官职。[55]明清之世，监生一直有选授官职的可能，一般生员入国子监形成了一套繁琐的等级和规矩，大体有下述几种：地方学校按年向国子监贡送学生教员，称为岁贡；选各学校中优秀的廪生、增生入贡国子监，称为选贡；在廪生、增生和新入学的附生中再进行优选入贡，称为优贡；在各省乡试中未能考中举人，但成绩较优异者，另录入副榜，选取副榜生员入贡国子监，称副贡；在国家庆典或皇帝登基时，或皇帝因其他原因特诏恩赐增加入贡国子监的名额，称恩贡。以上岁贡、选贡、优贡、副贡、恩贡入国子监的生员，称贡生，他们可以继续参见科举考试，也可以候选官职。贡生在明、清又俗称为明经。明清国子监和各级官学的教科书是传统的四书五经，朱元璋还增加了自己的著作《御制大诰》，宣扬绝对君权，要求臣民服从的封建主义。朱元璋还剥夺了《孟子》的地位，下令从孔庙中逐出孟子牌位，国子监和科举考试禁用《孟子》。他还授意翰林学士刘三吾对《孟子》进行删节，删去“民为贵，社稷次之，君为轻”，“君有大过则谏，反复之二不听，则易位”等八十五条，都是《孟子》及儒家思想的精华内容。
八股文的唯一用途就是考科举，此外绝无实用价值。八股文又称制义或制艺。《明史·选举志》说是朱元璋和刘基订立的八股文。顾炎武则说始于明代成化年间（1465-1487年），更有人将其源头远溯至北宋经义。八股文形成过程很长，大约定型于明朝中叶成化年间。
科举的演进，是从内容到形式对读书人的思想限制越来越严。北宋王安石废诗赋取经义，将取士内容限制到儒家经典的狭窄范围内。南宋时经义形成“有定格律，首有破题，破题之下有接题”，然后有小讲、大讲、余意、结尾等固定段落，“篇篇按此次序，其文多拘于偶对，大抵冗长繁复，可厌”。可见南宋经义已具八股雏形了。
明朝中叶，形成八股文。八股文每篇由破题、承题、起讲、入手、起股、中股、后股、束股等固定段落组成。八股文不仅体制僵死，而且要“代圣贤立言”，即揣摩圣人孔、孟和贤人程、朱的语气说话，因而八股文多半含混生涩、似通非通。八股文没有诗、赋、论、策等文体的佳作那种熠熠文采和酣畅气势，而是晦涩枯燥，有些词句甚至难于准确把握其意义。典型的八股文风是啰啰嗦嗦，空疏无聊，同政治才能谈不上有什么关系。明清统治者标榜“求实尚正”，只许考生做“浑厚老成”的死板文章，不得用诗赋式的华丽词藻，不得引用经典以外的其它任何书籍。八股文没有诗赋策论那种旁征博引、譬喻联翩的绚丽色彩，也不可有其它任何越出界限之处。甚至即使在经典之内，还有犯上、犯下的禁忌。例如《论语》中“止子路宿，杀鸡为黍而食之，见其二子焉。”倘考官出题“杀鸡为黍而食之”，则考生文章如果涉及“止子路宿”，就是犯上，涉及“见其二子焉”[92]，就是犯下，都不许可。要在如此严格僵死的规矩中将孔孟经书的只言片语敷衍拉扯成一篇文章，的确是件极难的事情。[56]
自王安石推行经义取士之后，科举制度的积极性日少、消极性日增，至明清两代，科举达于极盛而自身的弊病亦达于极甚。在一个专制、封闭的社会环境中，由于无法接受新的思想、学术、技术的影响，没有革新精神，一种既存制度或事物的演变过程常常不是越变越好，而是越变越糟。
废除
在十九世纪中后期，中华民族落后于世界，中国有个别先进知识分子走上了汲取西方文化改良中国的道路。鸦片战争以后，割地赔款、丧权辱国之事连踵不断，八股选本中绝无应付此种危局之计，部分官僚搞起了学习西方技术的“洋务运动”。冯桂芬在《校邠庐抗议》一书中提出改科举议、改会试议、停武试议、广取士议、采西学议等多种主张，要求把科举名额分一半给研习西方工艺技术科学的人才，给予举人待遇；并指责八股使“聪明巧智之士，穷老尽气，消磨于无用之事。”
光绪十年（1884年）的中法战争，光绪二十年（1894年）中日甲午战争，清朝大量割地、赔款。许多忧国之士认识到，单是学习西方的技术科学是远远不够的。光绪二十一年（1895年），发生了“公车上书”事件，康有为联络各省一千多名举人上书光绪帝，由康有为撰写的“公车上书”中的几大主张之一，就有特别指出“八股取士”之戕害人才，主张发展教育、推广西方科学文化知识。他建议科举考试除头场四书五经外，二、三场均改考本国文史和外国学识；增加“艺学”，即天文、地矿、声、光、化、电、机器、外语等等学科，召考“艺学”秀才、举人、进士等。光绪二十四年（1898年）光绪皇帝决意变法。梁启超联合在京举人，再次上书，要求变革科举。光绪帝接见康有为。康有为再度力陈八股之害，“民智不开之故，皆以八股试士为之。学八股者，不读秦汉以后之书，更不考地球各国之事，然可以通籍累致大官。今群臣济济，然无以任事变者，皆由八股致大位之故。故台、辽之割，不割于朝廷，而割于八股；二万万之款，不赔于朝廷，而赔于八股；胶州、旅大、威湾、广州湾之割，不割于朝廷，而割于八股”。得到光绪帝赞同。康有为即与杨深秀、徐致靖、宋伯鲁等人分别上疏折请废八股，改科举。当时不仅维新派人士力倡废八股，洋务派官员张之洞也赞成改革。另一方面，守旧派大臣却竭力反对。但是光绪帝下诏，“自下科为始，乡会试及生童岁科各试，向用四书文者，一律改试策论”，接着又连续下诏，令京师大学堂指日开办，将全国各地书院一律改为中学、西学之学校，废止科举中的最后阶段“朝考”，并且“不凭楷法取士”等等。
但戊戌变法不过一百零三天，以西太后为首的势力发动政变，除京师大学堂继续开办外，新政都化为泡影。清朝的最高权力仍掌握在那些腐朽的满洲贵族和八股出身的大臣之手。
光绪二十六年（1900年），清朝迅速败于八国联军，BJ沦陷，西太后挟光绪帝逃亡。创深痛巨的教训，终于使清政府懂得全面推行新政、革除弊法是唯一的自救之道。
光绪二十七年（1901年）七月，清政府下诏改革科举，乡、会试头场试中国政治史事论五篇，二场试各国政治、艺学（科学技术）策五道，三场试“四书”义二篇，“五经”义一篇；“凡四书、五经文，均不准用八股文程式”；“武科生、童考试及武乡科、会试，著一律永远停止。”同时下诏广开学堂，兴办新式教育，基本上恢复了戊戌变法时的新政内容。
光绪二十九年（1903年），直隶总督袁世凯、署两江总督张之洞上疏请渐行罢废科举，“使天下士子，舍学堂别无进身之路。”清政府举行了清朝的、也是中国历史上的最后一届会试、殿试，状元、榜眼、探花分别为刘春霖、朱汝珍、商衍鎏。
光绪三十一年（1905年），清政府正式宣布：“自丙午（1906年）科为始，所有乡、会试一律停止，各省岁、科考试亦即停止。”至此，中国历史上的科举制度最终结束。