然而更多的内丹家，更强调性命这对概念中所包涵的先天生命本体性与神秘性。
他们认为，所谓“性”不仅仅是一般的精神意识，而是人先天所有的遗传性思维物质和精神本体；
亦即所谓的“元神”或“真性”；
而“命”所意指的也不只是人的身体，甚至也不仅指人体内部一般营卫呼吸之气，而是指人与生俱来的元或先天祖烈。
元代内丹家李道纯指出：“夫性者先天至神一灵之谓也，命者先天至精一气之谓也。
”4明代内丹家伍冲虚说：“性即元神，命即元，是我生身本来之所自有者。”
中国气功学和医学生理学关于元气的论述出现较早，早在《内经》中就有所叙述。
但元神或真性的学说却相对较晚，并且主要是借鉴于佛教，尤其是禅宗。
中国大乘佛教的“真如缘起论”认为：众生皆具有大智慧光明的、遍照世界的、真实识知的“真心”、“真如本性”，亦称“法性”或“佛性”。
《华严经》说：“法性如虚空，诸佛于中住。”
禅宗六祖慧能说：“至极以不变为性，得性以体极为宗。
”佛教徒们宣扬，世上人人都有这种自性清静、湛然寂住的“真如本性，”而佛徒们所追求的，正是要通过定慧参悟来扫除妄识偏见，达到显现“真如本性”的最高境界——涅槃。
道教内丹家正是在唐宋三教合一的风尚下，吸收了佛教的这些理论，将神气合一的修炼理论发展成了性命双修的理论。
北宋内丹南宗之祖张伯端说：“夫神者，有元神焉，有欲神焉。
元神者乃先天以来一点灵光也，欲神也气禀之性也。
元神乃先天之性也，形而后有气质之性，善反之则天地之性存焉。
”4他又说：“盖自太极既分，禀得这一点灵光，乃元性也。
元性是何物为之，亦气灵凝而灵耳。故元性复而元气生，相感之理也。
”6道教养生家们通过这种“元性”说或“元神”说，便将道教传统的养神理论同佛教的禅定学说相统一了，从而为气功意念和精神的修炼开辟了一个新的方法体系及实践体系。
这种引佛人道、佛道双修的炼养方法。
正是内丹性命双修学说的前提和本源，也是内丹术相对于其它传统道教气功的特征之一。
元神和元的炼养是内丹“性命双修”的基础，也是内丹的真所在。
伍冲虚指出：“仙道以元神元二者双修而成，故说性命双修为宜。”
在内丹修炼实践中，一般炼丹家又将元精和元视为人体生命物质的不同状态，元精是一种物质状态，元则是元精的气化状态和功能状态。
元精是一种先天性生命物质，贮于肾脏和丹田中，由后天精气(所谓水谷之精)补给营养，并不断气化为元，充盈运行于人体血脉经络之中，使人生命力充沛，精神旺健。
如元精由于性生活过度或思虑过度以及其他伤生害身之事而耗损，则会使元虚耗不足，导致羸弱病患甚至夭折早丧。
内丹术要求发挥人的主观能动性和积极主动精神，通过自我意识的作用和特殊炼养方法，以人的元精、元和元神为“先天大药”，以人的意念呼吸为“火候”，炼精化，炼化神，炼神还虚，以实现道教“我命在我不在天”的抱负和“天地与我并生，而万物与我为一”的理想。
宋代道家典籍《清微丹诀》说：“上药三品，神与气精。保精生气，炼气生神。
形炼其神，则可以留形驻世。而形者神气宅也。是故身安者其精固，精固则气盈，气盈则神全，神全故长生。
若乃精虚则气竭，气竭则神迁，神迁则死矣。故不死者，炼精成气。
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