未知图腾的能量核心在中间的光球中，小智想到要是未知图腾能制造出炎帝来当小美的爸爸，那么秀力博士就一定在光球中。他要做的就是救出秀力博士，并且阻止未知图腾。
炎帝点头道：“你们联手撕出道口子就行！”
“火焰鸟过热，急冻鸟绝对零度，闪电鸟电磁炮！”
三圣鸟在小智的指挥下同时发动了攻击，与未知图腾的力量相撞，绝招搭在未知图腾制造的屏障上，但神兽的力量终究还是要强大一些的，不一会就出现了一道口子！炎帝跳入了未知图腾制造出来的屏障中，朝中心的光球而去。
“皮卡丘你去帮炎帝！”
“皮卡！”皮卡丘也跳了进去，炎帝与皮卡丘对视一眼，炎帝使用了喷火，皮卡丘使用了打雷，两只宝可梦合力破坏了中心的光球。秀力博士从光球中掉了下来，炎帝将其接住。
三圣鸟这边的攻击也停了下来，未知图腾的力量正在消失。炎帝将秀力博士放到了地上后，身形也开始消散。炎帝道：“帮我告诉小美，能成为她的爸爸我很开心！”
小智点了点头，道：“炎帝你放心！”
未知图腾的正上空随着光球能量的消失，未知图腾慢慢都被吸进了能量旋涡中，炎帝消失后的身体碎片也与未知图腾进入到了一处地方。
光球能量消失的同时，那些奇怪的文字卡牌从半空中掉落，小智喃喃道：“炎帝......”
小霞与小智将地上的卡牌整理好，庄园以及整个绿色草原开始恢复正常，花朵再次绽放，青草迎风摇摆。庄园的大门被小霞推开，小刚与小智架着秀力博士往外走，等在门口的小美看到了自己的爸爸，激动的抱住了她的爸爸，父女俩相拥而泣。
小智抬头看向天空的时候，一朵很像是炎帝的云正在朝他微笑。小智看着头顶的云消散，天空开始放晴。
大木博士他们去避难的，在看到结晶化现象消退后，开着车来到了庄园，花子见到小智就将其揽入怀中：“小智你没事吧！”
小智回抱住花子，道：“妈妈你放心！”
大木博士看着秀力博士和小美相聚也感慨不已，看向小智道：“你们还真的救回秀力博士了啊！”
小智遗憾道：“只是炎帝它走了！”
大木博士安慰道：“炎帝本就是未知图腾制造的嘛！你也不用太难过。但这次的事情，也让我们见到了未知图腾的强大的力量，以后也能避免了！”
小智点了点头，道：“嗯。”
小霞四下看了一圈道：“说起来，火箭队的三个人呢？”说起来他们从大门出来后好像就没有见到火箭队三人。
小刚倒是看见了道：“已经走了！他们这次没有捣乱，还帮了忙呢！”
小霞笑道：“下次我们动手就轻点吧！”
小刚也笑出了声。
小智他们送别了大木博士和花子，他们这边开车回真新镇。小茂则是在跟小智三人打了声招呼后，也再次踏上旅途。
没过几天，小美的妈妈也回到了庄园，以后都可以陪在丈夫和女儿身边，一家人再次和和美美的生活在一起，小美再也不会孤单了！秀力博士还说，他不再做研究了，以后都陪在女儿身边。
小智走前，向小美转达了炎帝消散前的话，小美只是说，她会在梦里见到炎帝爸爸的。
小智他们继续着前往满金市的旅途。
【结晶的帝王塔剧情任务结束，奖励积分】