控制新冠病毒的主要策略有两种，一种是发现阻止病毒进入宿主细胞的抑制剂，另一种则是发现阻止病毒复制和转录的生物活性化合物。
辉瑞的研发人员们确定了十二种蛋白质被确定为潜在靶标。
大致可分为两类：第一是结构蛋白，包括刺突蛋白、包膜小膜蛋白、膜蛋白、核衣壳蛋白质和另一类称为非结构蛋白的蛋白质。
其中非结构蛋白里主要包括蛋白酶（M pro)，木瓜蛋白酶， nsp13：helisp12：R RNA polymerase， nsp14：N-terminal exoribonud 7 甲基转移酶、nsp15：尿苷酸特异性内切核糖核酸酶、nsp16：2'-O-甲基转移酶和nsp10。
新冠病毒负责将病毒核材料复制和包装到衣壳蛋白外壳中。
阻断这些蛋白质中的任何一种都会导致病毒复制或将其 RNA 包装到蛋白质外壳中的停滞。
在被确定为控制 CoV 的目标的总共 12 种蛋白质中；3CL pro因其在介导病毒复制和转录中的关键作用而被确定为最重要的靶标之一。
3CL pro是一种糜蛋白酶样半胱氨酸蛋白酶（~33 kDa），由于其在加工复制酶多蛋白和基因中的主导作用，因此被类似地称为主要蛋白酶。
尽管 3CL pro是一种二聚体，它提供了底物结合裂隙，但蛋白酶通过其 Cys-His 双分子中的半胱氨酸硫醇引导的亲核攻击来发挥其蛋白水解活性。
3CL pro的活力在病毒生命周期期间，缺乏其人类类似物证据表明。
因此辉瑞的研究人员只认为3CL pro可能作为潜在的主要药物靶标，以结合和抑制新冠病毒复制活性。
他们需要西蒙斯从他的角度给出判断。
3CL pro结构与不同新冠病毒突变体的 3CL pro之间具有高度相似性，先前为 MERS 或 SARS 设计的抑制剂也可以有效地对抗当下流行的新冠病毒。
同时一种名为 N2 的抑制剂，以前设计用于抑制 3ERS-CoV ，这次也一起参与了针对新冠病毒的测试。
一些研究人员提出靶向 3CL pro，其中利托那韦、依美汀、橙皮苷、洛匹那韦和茚地那韦等可用药物的功效已显示出抑制 3CL pro的潜力。
绿茶的植物化学物质也已被深入评估，以识别具有抑制 3CL pro潜力的植物化学物质。
此外，还针对 SARS-CoV-2 的靶蛋白即膜蛋白(M)和包膜蛋白(E)对印楝的植物化学物质进行了评估，其中 Nimo、24-Methyleaa-Amyrin和 Nimbolin A 被辉瑞的研究人员注射到小白鼠体内。
西蒙斯挨个把小白鼠摸了个遍，不知道是他的心理作用还是真的如此，他认为亲手触摸能有更好的判断。
“我认为这只是这里面状态最好的小白鼠。”
身旁的研究人员连忙替他消毒，另一名研究人员问道：“这只小白鼠注射的是蛋白酶抑制剂。”
“我们根据新冠病毒谱系中五种流行的 M pro变体，包括 G15S、T21I、L89F、K90R 和 L205V研发出来的蛋白酶抑制剂。”
“我认为我们需要更多的观察，现在只是刚刚完成初步的注射，后面注射蛋白酶抑制剂的小白鼠能否依然保持最好的状态还是个未知数。”