大战后，由于金字塔失去了作用，无法在全球各地传送，绝大部分人类精英留在了中原地区。
最初的岁月是安宁的，人们众志成城，克服了无数困难，制服了肆虐的洪水，消灭了很多残存下来的基因改造怪物。
而地球的其他角落也开始了重建，只是和中原地区失去了联系，逐渐开始各自为政。”
此时除了少部分的精英，绝大多数的人类还处在一种极为原始的生存状态中，在人类精英的带领和指导下，开始向文明迈进。
可由于X星人的这次入侵，巨大的差异化文明所带来的落差开始逐渐显现，没有完全褪除野性和劣根性的人类所建立的文明逐渐开始失去了最初的美好。
而人类精英此时也所剩无几，到了大禹时代，随着家天下的开始，大部分精英们觉得人类需要自我发展和完善，纷纷选择归隐。
X星人之前曾经在各地创造了好多延缓时间的奇点，随着大战的爆发，很多奇点被毁，精卫填海之后，又失去了创造奇点的足够能量来源，因此只有为数不多的地方还存在着这种奇点，瑶池就是其中之一。
那时的瑶池也成为了人类精英们归隐的最佳地点，可那些奇点由于失去了能量的补充，也在逐渐衰弱，伏羲创造的他生渡的方式也并不稳定，尤其是无法制造新的胚胎，人类的血肉之躯终是难敌生老病死，到了后来，就只剩下鬼谷子和西王母二人。
鬼谷子一直爱慕着西王母，可这时的天下之主周穆王姬满出现了，他巡视天下来到了瑶池，与西王母互生情愫，西王母也将修炼松果体的法门传授给了姬满，并将前尘往事都告诉了姬满。
她希望姬满能放弃王位来瑶池和她一起生活，姬满自然同意，答应回朝安排好传位事宜便返回瑶池，并将佩剑赠与西王母作为信物，那把剑就是你我穿越之时密室中的古剑。
姬满走后，西王母再次进入奇点，安心等他归来。
可这一切却惹得鬼谷子妒火中烧，他因爱生恨，眼见得不到西王母的芳心，他逐渐变得疯狂，他要毁掉所有的一切，竟然试图恢复当年登月的通道，和X星人的母星取得联系。
他的谋划被西王母发现，也曾试图劝说，无奈鬼谷子已入魔障，二人话不投机，当场翻脸动手，西王母被鬼谷子打伤，危机之际开启了瑶池的护山阵法，这才勉强迫退了鬼谷子，
鬼谷子一气之下进了蜀地，重回黄金城，竟然发现黄金城地下还有几只当年X星人留下的基因怪兽，他释放了怪兽，威慑了周边的犬戎部落，他让犬戎部落做好进攻中原的准备，同时积蓄力量准备开启黄金城的传送装置。
这时周穆王姬满也依约回到了瑶池，发现西王母受伤，问明经过后不由得大怒，恰好蜀地探马来报，发现了犬戎部落的异动，于是率领人马与西王母一道兵发蜀地对抗鬼谷子。
……