后来，这件事被雅典娜给发现了，她就特别生气:这两个不明事理的东西，竟然在我的神殿里行苟合之事，也太没有把我雅典娜放在眼里了，真是反了天了！
于是，雅典娜准备好好地惩罚一下这男女两个。
波塞冬一看，知道自己闯祸了。雅典娜的厉害，他也不是不知道，早在他二人争夺雅典城的守护神的时候，他就已经领教过了。
这可怎么办呢？那就让美杜莎一个人顶杠子好了。——这个死丫头，要是她当初痛痛快快地应允了，又怎么会得罪雅典娜呢？
于是，这波塞冬就对雅典娜说:“是美杜莎先勾引我的，她长得那么好看，尤其是她那一头秀发，实在是太蛊惑人心了！我也是被她缠得没有办法，我也是可怜她，那古人也说‘不因善小而不为’……”
雅典娜是宙斯的亲闺女，波塞冬是宙斯的亲大哥，那波塞冬就是雅典娜的亲大爷呀。俗话说得好:“帮里不帮外”，俗话还说得好“血浓于水”；再怎么说，雅典娜还是离波塞冬近呀！
总之，雅典娜最后决定就只惩罚美杜莎一个。她把美杜莎变成了一个蛇发妖怪，——你不是用你那一头美丽的头发蛊惑别人吗？
那我就把你的这些头发变成一条条毒蛇。
就连她的两个同胞姐姐为她打抱不平，结果也都受到了牵连，她们也被雅典娜变成了和美杜莎一样样的怪物。
雅典娜还把她们姐妹三个一起流放到了一个不知名的偏僻小岛上，让她们过着与世隔绝的生活。