于是，大批献营官将便跑去昌都投奔李定国，孙可望对李定国的忌惮到达了顶峰，在弓长的唆使下，下旨让李定国来拉萨“议事”，李定国身边的高文贵、白文选等将领皆劝李定国孙可望此旨乃是为将李定国诓入拉萨杀害，李定国也深以为然，又不愿主动挑起内战，便派人送信给孙可望，劝说孙可望以大局为重，万万勿听信谗言、兄弟之间互相攻杀。
谁想这封书信被早有准备的弓长截获，弓长便仿照李定国的笔迹和图章篡改书信，将此信变成了李定国写给孙可望部下马宝、意图勾结马宝清君侧的策反信，孙可望见信后勃然大怒，当即捕拿马宝审问，马宝还真有投奔李定国之意，孙可望由此深信不疑，“确认”李定国要“借清君侧之名，行造反夺位之实”。
孙可望当即集结五万大军往昌都出发，要“平镇叛贼”，李定国此时不想反也只能反了，双方在怒曲河畔交战，李定国不过两万余兵马，人数相差悬殊。
但不少献营兵将觉得有大熙这只猛虎在外虎视眈眈，两边竟然还要打内战，简直脑子有病，作战很是消极，李定国很快就发现了这一点，便只逮着那些闻香教徒和死硬的孙可望部众猛揍，孙可望作战失利，更为暴躁，一连诛杀了几名将领，军心却更加涣散。
到第二日，李定国的旗帜出现在怒曲河旁，孙可望所部马惟兴等人大呼“迎天王”，旋即哗变，孙可望军大乱，李定国趁机猛攻，孙可望军全军大溃，孙可望只领了十几骑逃离战场，弓长也为李定国所俘，随后便被李定国凌迟处死。
但李定国虽然赢了内战，却再也保不住乌斯藏，大熙军自然不会放过献营内斗的好机会，东、北两路大军齐头并进，藏地土邦土司无法抵挡，在大熙和索南群培保证不对他们进行宗教压迫和报复之后，纷纷举城投降，待李定国消灭孙可望之后，献营只剩下一座孤零零的拉萨。
孙可望在藏地无处可逃，只能投降大熙，又担心过不了公审，便主动协助大熙招降献营部众、藏地土司和宗教领袖，又亲自领路引大熙军往拉萨而来，李定国自知无法抵挡，只能放弃拉萨南撤，但大熙军始终穷追不舍，李定国只能领献营走绒割沟穿越喜马拉雅山脉，进入尼泊尔地区。
但献营之中已经有不少兵将家眷厌倦了翻山越岭的跋涉逃跑，在聂拉木、济咙宗等地投降大熙，加之伤病逃跑的，李定国抵达尼泊尔地区后，兵马老幼只尚存不到万人左右。