也就是将西域各国做为汉朝政府下属的一级行政单位来进行管理，并享有高度的自治权，比如都督可以世袭。
而且都督府不光管理本国，还需要协助西域都护府管理辖境之内的其余国家。
比如车师都督府就管辖车师前国，车师后国，卑陆，东且弥四国。
都督府都会下设司马和参军两个官职，司马主管军事，参军协助理政和汉文文书。
司马由西域都护府指派，参军则可以由都督从本地选拔或从中央下派。
都督府下辖军队主要是常规驻军和地方部队两种，常规驻军主要由汉人和少量本地人组成，编制类似于地方守备旅。
地方部队就是各国原来的军队，归都督管辖，主要责任是维护地方治安。
后来在一些重要地区和没有设置都督府的地方又增设了军镇，比如哈密军镇，尉犁军镇，莎车军镇。
这些军镇的长官为都尉，直接管理西域都护府派驻当地的常规驻军。
大的都督府，像乌孙都督府直接驻扎了骑兵一师的一个团，还有乌孙守备旅。
为了维持这样一直规模庞大的常规驻军的军需衣食，除了在当地居民中征收租赋，以及中央政府的拨款之外。
驻军本身也需要进行屯垦自助，除了种田，也有畜牧牛羊等。
而都督府和军镇还可以征收丝绸之路上各国客商的货物过境的关税，以补充军需和地方开支。
各级行政机构的设立，大量常规驻军的建成服役，都使得西域都护府和中央政府对西域地区的统治力前所未有的强大和高效。
西域各国也前所未有的感受到了中原王朝的强大与文明，西域地区掀起了一股到长安去，学习汉文化的浪潮。
之前被俘获的西域联军战俘们也已经陆续释放回国，有一些人甚至留在关中，而不愿回到故国。
因为他们亲身感受到了中原王朝的强大和文明富庶。
管亥的骑兵七师也调入凉州，后来又大部调入西域，协助法正对几个不服汉朝统治，闹独立的国家，坚决予以打击和镇压。
于阗、龟兹和鄯善就是三个鲜活的例子，反对大汉的国王都被推翻和灭族，叛乱的军队全部被剿灭，这些国家的国王都更换为亲汉的人士。
并且在这三个西域大国设立了于阗军镇，龟兹军镇，鄯善军镇，派驻常备军，进行军管，文聘和张卫都在这些西域地区的军事行动中崭露头角。
西域各国纷纷派遣使者远赴长安，向大汉朝廷递交国书，献上贡品，甚至还有的主动送来王子做为人质，以求取信任。
汉献帝刘协每天都能够接见不同国家来朝拜的使者，收到各种珍稀的贡品，自是心花怒放，这已经是东汉百年来未曾有过的盛景了。
如今在他的手中实现了收复西域各国，大汉的版图终于恢复了先祖之时的荣耀。
这一切都让汉献帝对大司马吕布推崇备至，虽然有时候他也痛恨吕布大权独揽，架空了自己。