3.基地部门改制：
1行政科：干员及以上，负责基地\/分基地内部文件收发流转，为基地人员提供流程服务，以及统筹基地\/分基地内各科室沟通协调。
2廉政科：专员及以上，负责基地\/分基地内部人员思想政治教育审查工作，需定期开展思想审查，对不符合基地内思想政治规定的，予以相应处理。
飞鱼（廉政科分管，应急科下属应急小组）：红箭遴选，负责基地\/分基地叛逃人员的后续处置工作。
3人事科：干员及以上，负责基地\/分基地内人员人事调动，与基地联合会、西山基地委员会人事部门做好对接工作。
4内务科：干员及以上，负责基地\/分基地内部人员日常生活服务；负责基地\/分基地特殊项目的日常需求。
5外事科：专员及以上，负责基地\/分基地对外联络事务
交通事故（外事科分管，应急科下属应急小组）：红箭遴选，配合基地\/分基地外部工作，如隔离控制区域、运送目标项目等。
6档案科：干员及以上，负责基地\/分基地项目相关文件归档整理工作。
7研发科：专员及以上，负责基地\/分基地项目研发。
量子之血（研发科分管，应急科下属应急小组）：项目589，遴选红箭；负责基地\/分基地特殊管控项目，当项目涉及：察觉困难、定位困难、对非人类施加概念感染时，可出动。
8后勤科：专业后勤人员及医疗人员，负责基地\/分基地内部环境打理及医疗服务等工作。
家政清洁（后勤科管理，后勤科下属应急小组）：后勤科人员遴选，配合基地\/分基地应急小组工作，如外派任务善后，异常项目残余清理等。
9应急科：在编部队人员，国际雇佣兵，特殊控制人员，部分项目；承担基地\/分基地最主要的保全与维稳任务，是运行核心。
红箭（应急科下属应急小组）：遴选全国在编部队人员，负责基地\/分基地日常管控任务，如人员保护、移送控制人员、移送目标项目，处理突发事件等；
盲网（应急科下属应急小组）：遴选红箭，负责基地\/分基地特殊管控任务，如外派配合控制行动、处理特殊项目、销毁特殊项目、应急事件二次处理等。配备项目038，空想连接项目055；当项目涉及：大规模伤亡风险、对环境敏感、高度概念感染时，可出动；
夜行者（应急科下属应急小组）：收编实体E-021、遴选红箭；负责基地\/分基地特殊管控任务及斩首行动，当项目涉及：对环境敏感、对光敏感、无明显实体时，可出动；
拆迁队（应急科下属应急小组）；收编实体E-022、遴选红箭；负责基地\/分基地特殊管控任务及突围、突破行动，当项目涉及：破坏困难，路径到达困难时，可出动。（应急小组详细名单参见附录）