首都为江苏省南京市。南京即为太平天国时期之天京，辖区包括江宁、江浦、六合、高淳等地，行政级别与上海市类似，与江苏省等平行。党代会之后，总部党政军机关即行迁往首都。
国旗以红色为底色，象征共和国历练革命战争之牺牲；缀以青色秋海棠叶，象征共和国国土北至蒙古，东至外海，南至南海，西至昆仑山。
国徽为青色秋海棠叶。
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二、实施共和政制。
共和国政府称为“国民政府”，意指政府乃国民之政府，非一家一姓之政府。
国民政府首长称总统，由共和党军政委员会推选产生，任期五年，可连选连任。国民政府中央由***、资政院、最高法院、最高检察院四院组成。
***和检察院首长均由总统提名产生。
***管行政，掌实权，首长称总理，下设外交部、财政部、交通部、水利部、工商部、农业部、科技部、司法部等部门，与各省政府构成上下级领导关系。
资政院管立法、监察，首长称资政长官。资政院有监察政府之责，可向***发出问询函，***应当对资政院的问询予以答复。
资政院包含若干议员，涵盖党政军各个条线，各省、特别市。资政长官由议员选举产生，每五年选举一次。
最高法院管审判，首长称最高法院院长，一般兼任首席大法官。最高法与各级法院无领导关系，但可就审判对各级法院作出指导。
最高法院由七名大法官组成。大法官实行终身任职，总统无权罢免大法官。当大法官辞职或者病逝时，时任总统可以提名新的大法官。
最高法院院长由七名大法官推选，每五年或院长病逝时选举一次。此举在于保证法律的公正性。
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最高检察院主要负责打击犯罪，首长称最高检察长。最高检察院与各级检察院构成上下级领导关系，但检察官享有相当大的独立办案权。
三、党政军分离。
为应对新的国际国内形势，加速复兴事业，实施共和党、国民政府、革命军相对分离的特殊制度。
共和党统管一切，最高领导机构为军政委员会，但不常设。每五年开会一次，选举新一届委员，推选新一届总统。
军政委员会下设常设机构执行委员会，下辖组织部、情报部、宣传部、统战部、监察部等部门，与各省军政委员会构成上下级关系。
共和党军政委员会首长称委员长，由军政委员会推选产生，每五年推选一次，可连选连任，一般兼任总统。同样的，各省军政委员会主任一般兼任各省省长。
国民政府实行上下领导体制，***下设外交部、财政部、交通部、水利部、工商部、农业部、科技部、司法部等行政部门，直接领导各级省政府。
革命军最高领导机构为军事委员会，首长称主席，下设参谋部、政工部、后勤部、装备部等部门，领导陆军司令部、海军司令部。军委主席由军政委员会推选产生，一般兼任委员长、总统，实现党政军一元领导。
随着党、政、军的逐渐分离，原有的共和党各部设置过于凌乱、重叠，不能适应专业化、精细化要求，将按照“党归党、政归政、军归军”的原则，分属党、政、军。
1858年3月18日下午，第二次党代会研究决定，成立“中华共和国”。
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当晚，一份由吴捷亲自审定的《中华共和国国民政府公告》通过特急电，传达至东南各省。同时，振兴报社紧急加印一期报纸。
《中华共和国国民政府公告》庄严宣布：中华共和国国民政府，即日起正式成立！