帖木儿帝国在帖木儿死后开始逐渐衰落，帝国内讧不停，维持了一百多年后，不可避免的又消失在历史长河中。帖木儿有个直系后裔，叫做巴布尔（这是他的绰号，意为老虎），他性格暴虐，同时又野心勃勃，一心想恢复帖木儿帝国的荣光。理想很丰满，可是现实却很残酷，在中亚的争夺战争中，他输给了乌兹别克人。
虽然输给了乌兹别克人，但是在他与波斯人合作的时候，他从波斯人那学会了使用火器，而在与乌兹别克人作战的时候，他也学会了利用骑兵侧翼进攻的战术。失败乃成功之母，巴布尔深思熟虑后，放弃了对中亚的争夺，接而把目光瞄向了印度。而这个时候的印度，德里苏丹国的统治已经岌岌可危，国内政权天天闹内讧，社会动荡不安，天时地利完全在巴布尔这一方。经过三次大战，奠定了巴布尔在印度北部的统治地位，占领了大半个印度半岛。1526年，巴布尔定都德里，建立莫卧儿帝国，莫卧儿就是蒙古的意思。
巴布尔是伊SI兰教忠实的粉丝，占领了印度北部地区后，和德里苏丹国一样，强力实行伊SI兰化，并且开始将征服的脚步转向南方的拉其普特政权。巴布尔死后，他的儿子胡马雍坚决实行巴布尔的既定方针，一面实行伊SI兰化，一面强力向南推进。到了莫卧儿第三任皇帝阿巴克的时候，随着国土面积的越来越大，阿巴克发现印度教在印度的影响实在是根深蒂固，强力镇压并没有起到很好的效果，为了更好地统治印度，他转变了思路，调整了宗教政策，不再迫害印度教教徒了。
莫卧儿帝国第五任皇帝沙贾汗，他有一个十分漂亮的老婆，名叫亚珠曼德·贝侬·比古姆，她是一位具有波斯血统的绝世美女，被誉为外国古代四大美女之一。沙贾汗十分疼爱比古姆，结婚后的十八年里，比古姆为沙贾汗生了十四个孩子，平均1.28年就生一个，结果就是天妒红颜，比古姆早早地就离开了人世。沙贾汗十分伤心，为了纪念他心爱的妻子，沙贾汗用白色大理石为她修建了一座巨大的清真寺陵墓，叫泰姬陵。泰姬陵被后人称作是印度穆SI林艺术最完美的建筑，享有“印度明珠”的美誉。
这十四个孩子里面有一个叫做奥朗则布的男孩，他最终成为了莫卧儿帝国的第六任皇帝。同时，奥朗则布也是莫卧儿帝国最具争议的一位帝王。首先，他把父亲沙贾汗关了起来，然后把其他兄弟全部杀光，这不就是印度版的唐太宗嘛。莫卧儿帝国在他任期内疆土达到顶峰，除了南方一小块顽固政权没有征服，其他土地都归于莫卧儿帝国，其疆土面积可以媲美孔雀王朝，但是这些都是得益于他的暴政，他推翻之前的宗教怀柔政策，重新开始打压非穆SI林宗教。奥朗则布这么任性的结果就是：南印度是差不多征服了，帝国也快没钱了，队伍也不好带了。奥朗则布在位五十年，于1707年2月20日，死于阿马德纳加尔，享年89岁，给莫卧儿帝国留下了一地鸡毛。
15世纪末，在莫卧儿帝国时期，在印度教和伊SI兰教相互交流碰撞的背景下，诞生了一种叫锡克教的宗教，他是由那纳克在印度西北部的旁遮普地区创立的，锡克教明确反对印度种姓制度，提倡平等、友爱，强调实干，同时锡克教也不赞成伊SI兰教排斥异教的种种做法，并且反对宗教的偶像崇拜和反对歧视妇女。从第六代师尊开始，锡克教为了对抗莫卧尔王朝的压迫，逐渐发展成为一个带有军事化色彩的组织。锡克教徒最显着的特征就是他们头上缠着的大头巾了。