然后事情发生了意外，方舟出乎预料的找不到千。
对于作为海尤文明的造物的方舟来说，方舟继承了海尤们对千的看法。
千是世界的意识，是法则的化身，千无处不在、无所不能，在任何时间地点，只需呼唤，千自然会降临。
也因此，方舟之前寻找千时只需呼唤，而当千没有响应方舟的呼唤降临时，方舟一时间没有其他的方法联系千。
联系不到千，方舟就没有过多理会降临者们，仅仅只是在暗中研究了一下降临者的文明结构，收集记录了一些资料，就将降临者与其他普通种族一样对待。
降临者们可能的异世来客身份没有引起方舟的深入调查。
这与方舟的本质有关，方舟是被海尤文明设计出的一段程序系统，其根本目的是确保摇篮能够孕育出新的智慧文明，它的任务也就是为新出现的智慧文明创造适宜生存的环境和监视正在发展中的文明保证他们不会因一些莫名其妙的原因毁灭。
这是方舟的基础运行逻辑，在这种逻辑下，虽然发现了降临者的奇特之处，但只要不做什么想要毁灭世界的事情，方舟不会对降临者采取任何实际动作，甚至如果降临者这一族群面临灭顶之灾时，方舟还会给予一定的保护。
所以方舟对降临者本来是平常心态的，直到余晋卿再度引起了方舟的关注。
因为降临者身上一种神秘力量的庇佑，方舟常常会忽视降临者的存在，一直到余晋卿自己跑到石像下一个方舟探测器的面前，方舟才注意到余晋卿的特殊之处。
为什么这个机器人内部会有超凡物质的存在呢，而且还融合了，使超凡物质激发出了力量。
超凡物质是近千年来突然出现在摇篮各处，具有各样特性的超自然物质的统称。
在文明发展的和平期，方舟将绝大部分算力都用在了研究超凡物质之上。
这是方舟主观能动性下的最大爱好，也让方舟对超凡物质有很多的了解。
根据海尤文明留下来的数据库，方舟发现这些所谓的超凡物质与源质有很大的关系，可以算的上一种源质的低层次演化产物。
因为与源质的关联，超凡物质也继承了一定的源质特性，即超凡物质的运用受意识层面的影响。
这对于方舟来说不是个好消息，因为它只是一段程序，虽有智能，但它即没有灵魂也没有意识之光。
可余晋卿的出现打破了这一猜想，余晋卿是机器人，但他却能融合并利用超凡物质，这就引起了方舟的关注。
方舟需要更加了解超凡物质，因为在它的推算中，随着摇篮上超凡物质的越来越多，一些恐怖的灾难迟早会爆发，甚至现在摇篮上的一些地方对于普通文明的灾难已经降临，只不过方舟暂时还可以把小的灾难压下去。
可如果有一天随着超凡物质的增多，灾难降临整个摇篮呢。
方舟必须早做准备，它现在的力量虽可以庇佑整个摇篮，但超凡物质越来越多，而方舟的力量是不变甚至慢慢变弱的。
当初的海尤文明是举族飞升，带去了大部分的工业生产基地，而后来的世界之创吞噬月球星门，太阳爆炸毁坏日星基地，使方舟与最大的两个基地失去了联系。
也就是说方舟失去了大部分的工业基础，很多对星级物品都不能再造，力量用一分少一分。
方舟需要新的力量来源，而就在在这种情况下，余晋卿出现了，他让方舟看到了另一种可能。