为了找到吉米，泰勒斯带着比安卡来到馆长室。馆长卡特琳娜·米开朗基罗·博纳罗蒂决定闭馆两小时，通知馆内全体馆员和机器人全力协助比安卡寻找吉米。卡特琳娜请来的“兼职顾问侦探的考古学家”让娜·弗朗索瓦·商博良却通过反证法推测吉米已经被藏在机器人里面运送了出去，城市定位机器人的心跳系统也证明了这一推测。
在让娜嗅觉灵敏的助手涅伊特的帮助下，比安卡等人一路追寻至郊外，进入绑架犯们位于硫磺湖湖底的熔岩洞穴里的基地，找到吉米后将他带回城市。原来被驱逐出城市的浮士德在两天前过劳死，缺乏维护浮士德搭建的由人脑组装的超级计算机(大脑来源于失踪的外地人)能力的助手们病急乱投医地绑架了吉米等三位学者，
但助手们和逃跑的两位学者却被泄露的硫化氢毒死。之后不久被吉米维护的计算机后台运行的机器人劫持程序突然“行动”，劫持了城市内的机器人开始破坏，最终薛定谔借助理智结晶赢得这场信息战的胜利。
三天后，亚历山德里亚对吉米和作为城市骚动事件的客观责任人的计算机的人形终端“爱丽丝”进行了审判，下达了“监视居住十年，义务劳动二十年，交出系统管理权五十年，但保护隐私。由吉米任具体监督者。”的判决。
不放心将监控爱丽丝的任务交给其他人的吉米和希望复原飞行器的曼弗雷德决定留在亚历山德里亚。因为吉米下船，技师的工作由铁面人负责，玛丽安拜托让娜担任喀里多尼亚号大副。
而在有了替代理智结晶操控复数机器人的爱丽丝后，城市管理协会会长玛丽·雪莱归还了结晶。理智结晶这个强人工智能嵌入幽兰黛尔剑身后，便成为幽兰黛尔的大脑，驱动魂钢将“身体”变成绑着蝴蝶结，有着一对羽翼和眼睛的，自称“小幽”的短剑。它交代了由逐火之蛾制作的能够操作微观粒子的人工智能武器的来历，也承认了它是罗兰的圣剑幽兰黛尔。
外部世界2012年3月5日，玛丽安在抵达亚速尔群岛后发表演讲，告诉了船员喀里多尼亚号接下来的航行目标：从阿斯加德之壁的皇帝手中夺回世界，同时铁面人也说出了自己的身份：比安卡所在世界的薛定谔。
外部世界2012年3月6日，喀里多尼亚号抵达尤卡坦半岛，比安卡、丽塔、米格尔、玛丽安和商博良五人登岛，帮助“埃尔·蕾”村庄击退袭击村庄的“半岛联邦”，被村民认为是战神“布鲁克·查布坦”的化身。
和比安卡一见如故的“神谕者”伊柯娜尔告诉她想将神明对普通人的影响降到最低的愿望，并在之后以自杀的方式让村人遵行神与人分离，凡人要依靠自己的神谕，以此完成变革。
为了帮助村庄，比安卡一行决定前往联邦的图卢姆要塞让他们承认村庄的独立权，这一目标因为联邦大祭司艾丝德尔·查拉图斯特拉教导联邦军人要无条件遵从拥有超人般力量的“纳科姆”而轻松实现。在联邦首都奇琴伊察城会面艾丝德尔时，众人遭到了艾丝德尔的暗算，好在丽塔和薛定谔提前说服了能实现光学迷彩的小幽跟着众人，得以借助小幽杀死了艾丝德尔。
醒来的比安卡在丽塔的解释下明白的情况，从希克苏鲁伯陨石建筑后院的溶洞中的老龙昂利·加蒂安·贝特朗口中得知墙壁皇帝是横扫欧洲的拿破仑·波拿巴，他服用婆什迦罗十八世的药剂激活了圣痕，通过“格尼乌斯集群”进行物质交换来到世界泡，用“圣歌”唤醒了洗脑世界泡的欧罗巴部落民，启动崩坏能墙壁将他们转化成怪物或者崩坏兽。贝特朗在此前服下了药剂变成了龙，挺过了墙壁的冲刷。它因为无法忍受启动墙壁后造成的巨大伤亡而逃离帝国，被艾丝德尔蒙骗，在颈后嵌入支配结晶，沦为“莱顿瓶”。
讲述故事的贝特朗突然感受到皇帝的气息(让娜)，此时小幽带着醒来的玛丽安等人来到比安卡身边，皇帝
的气息也莫名消失，冷静下来的贝特朗继续述说它的过去。它在飞离墙壁后，因为世界泡崩坏能补充速率极低的特性，身体机能随之下降。在联邦遇到艾丝德尔后，被骗在颈后嵌入支配结晶，当作莱顿瓶一样榨取能量。
在小幽取下结晶，说完秘密的贝特朗主动求死。最终在比安卡领头的劝告下，贝特朗放弃寻死，决定担任联邦大祭司。
数日后，除去之前找到宝石的地方，留待她们搜寻的还有四处，而其中“被火山和雪岭包围的城市”在爱丽丝根据图书馆资料确定是位于南美大陆的“基多”，玛丽安决定前往新招募的水手科图亚提到的，联邦曾经接触过的“南方国度”，以找出顺利抵达基多的方法。
期间众人登陆库拉索岛，遇见印卡共和国第三近卫军教导团团长罗兰·印卡，在她的带领下众人前往贯穿地心的“瓦卡隧道”。途中意外发现现任亚历山德里亚管理协会代理会长卡特琳娜是共和国技术情报局局长，了解到瓦卡隧道就是以太锚点，这个世界泡是前文明用以太锚点反向构筑出来的人造品。而指挥着崩坏兽大军的皇帝的目标则是通过隧道侵略全世界。
第二天，喀里多尼亚号抵达南美，众人见到了共和国国防部长兼要塞司令安娜·查尔斯·达尔文和自称德古拉的第一近卫兵团司令伊洛娜·德拉库列斯特。得知了星语者其实是以太锚点从量子之海中读取了主世界人物的信息，将它再度复现出来的复制品。根据宝石地点之一“舞台上的偶像”，众人见到了偶像时雨绮罗，向她借来了爱之宝石。