他说，你们的世界虽然被毁了，但是我的世界还有被拯救的希望。上校知道，拯救平行世界对他们来说没有任何意义。
他考虑了半天，最后还是答应了丹尼尔博士，他带领所有人一起跟敌人进行了顽强的反抗，为丹尼尔赢得了撤退的时间。丹尼尔穿过星际之门，又返回了有镜子的那个地方，他重新触摸了那面神奇的镜子，返回了自己原来的世界。这里的小伙伴们还在到处寻找突然失踪的他。
丹尼尔博士给大家讲了自己神奇的经历，大家听完都觉得很不可思议。他们返回地球后，拿着那个新闻地址报告了将军，将军却说，星际之门项目要被取消了。
因为参议员觉得这个项目花钱太多。又没有带来什么回报，丹尼尔把外星人即将进攻地球的事情告诉了参议员，但参议员并不相信他的话，还说，即使外星人来了，强大的美军也完全有能力把他们赶回老家去，然后就命令停止星际之门的运行，不允许任何人再去使用它。
巨大的外星飞船像锅盖一样罩住了整个大西洋，人类的末日来临了。幸亏有一个善良的外星文明前来帮助我们。他穿过超级虫洞，来到了太阳系月球基地，在巨大的外星飞船面前显得十分渺小。人类指挥官被这突如其来的压迫感下滑，竟然下令向友好的外星飞船开火，毫无防备的友军就这样直接被愚蠢的人类击落。
而指挥官们还沾沾自喜的宣传着伟大的胜利，就在这是真正的敌人出现了，他竟然像月球一样大。人类在月球辛辛苦苦建造的防御力量打在他身上就像挠痒痒一样。而敌人的武器启动后，轻松的就击垮了人类的月球基地，然后擦着月球表面，直奔地球而来。
如果他不减速，地球将会被他撞成两半。人类启动了轨道上所有的防御武器，可还没等开火，就被外星飞船全部摧毁了地球。人这回傻了眼，辛辛苦苦准备了20年的防御力量，就这样被敌人轻易的突破。那么这些外星侵略者为什么要来到地球呢？
原来，在20年前，人类成功的抵抗过一次他们的入侵，并从外星飞船上逆向研究了很多黑科技，大大提升了地球人的科技水平，甚至已经可以摆脱引力的束缚，轻松的飞向太空。但是，外星飞船坠毁后，向五星发送了求救信号，五星立刻派出了更加强大的舰队前往地球。飞船接近后，由于外星人都是通过心灵感应进行交流，所有之前那些被外星人伤害过的人们，全都感受到了，他就连被外星人摧残而昏迷了二十多年的奥肯博士都醒了过来。他写满了一墙的外星文字，还画下了一个奇怪的圆形符号，这个符号跟人类肌肉的外星飞船一模一样。奥肯博士走到关押外星俘虏的地方，这些外星人都是在20年前的战斗中俘获的，只见这些俘虏都变得异常兴奋，好像是在欢迎他们女王的到来。
这时，前总统悄无声息的走进了外星人的房间，他希望以自己为媒介或者情报。不出所料，外星人伸出触手，控制了前总统。从他嘴里，人们知道了女王的到来。以及他们想要地球消失的命。海瑟琳拿着圆形飞船的图案冲出来，询问他这到底是什么。
外星人神色紧张，十分恐惧。他不断的扭动身体，并缩减触手。前总统眼看就要被活活勒死，军人们快速的拿起武器对他一顿扫射。然而，由于他有盔甲的保护，这些攻击对他毫无作用，这是跟外星人有着丰富作战经验的乌布图，偷偷绕到外星人身后，一刀砍破了他的盔甲。
然后外星人的本体暴露了出来，乌布图马上利落的砍下了他的脑袋。前总统还是因为惊吓过度而晕了过去。同时，51区监测到密密麻麻的外星飞船向基地驶来。值得注意的是，这些飞船都包围着一个巨型飞船。
这时大卫明白了，刚刚外星人说的话，原来外星人的群族就类似于蜂群，蜂后控制着一切监控器的画面一转，竟然看到大西洋的中心上，外星战舰正在钻探地球，他们竟然想要把地壳抽走地，可一旦被破坏，地球的磁场和大气层都会消失。
所有的生命都会死去，现在阻止这些唯一的办法就是找到封号并消灭他。于是总统果断的下令，开始反攻。一支精英飞行小队很快就从基地出发，他们带着核弹冲向了外星战舰。很快他们就发现了封侯，然而外星战舰却率先发动攻击，他火力全开，激光四射，飞行小队根本无法到达投弹地点，甚至还被打乱了计划。
想要撤退，但外星战机穷追不舍，人类和外星人展开一场殊死搏斗。最后席勒想出了一个主意，他要携带核弹偷偷潜入外星战舰的内部。结果这个危险的计划异常的顺利，大家都觉得不可思议。这时前总统突然苏醒，他告诉帕蒂，这是外星人设下的圈套。
帕蒂马上把消息转告了亚当斯，然而一切都来不及了，飞机小队的战机瞬间全部失控，并开始追捕他们，不顾安危，想要和外星战舰同归于尽。然而核弹的爆炸却被控制在了能量场，没有对外星战舰造成一点伤害。外星人一个冲击波就把所有的卫星全部冲信号全部中断。与此同时，外星人发现了指挥室，紧接着展开了大屠杀。
很快，亚当斯就接到了消息，总统和国防部长全部牺牲。现在他必须就地接受总统的职位，继续指挥人类军队。在五十一区，奥肯博士紧张的对着圆形飞船，作者研究，他拿出终极武器，准备对飞船检控。
很快，飞船裂开变成两半，一颗圆滚滚的白球滚了出来，他只是静静的看着，并没有做出任何反应。由于人类不小心的触碰，竟然意外的触发了他原来这个白球是个超级储存器，他说自己的种族和这些外星人已经交战了上千年。外星人抽取他们的地壳作为原料，最后摧毁了他们整个文明。
但是他们把所有的高科技资料都存储到了白球里，还在一个秘密的地方建立了一个新世界，那里有可以摧毁邪恶外星人的武器。白球的到来本来是想警告人类，并将人类转移到那个安全的新世界，没想到他却被人类无情的机会。
现在婚后一直在寻找那个新世界，并不惜一切代价想要摧毁他。此时婚后发现了白球发出的能量信号，他立刻穿上了超级战甲，然后朝着这个方向快速起来。如果白球被他抓住，那么新世界的位置就会泄露，到时候外星人就再也没有可行，人类更加没有生存下去的希望。大卫集中生智。既然外星人给我们下塔，那我们也给他们下一个塔。
于是大卫他们在牵引机里复制了白球的辐射信号，想用这个方法吸引女王靠近，然后引爆核弹，炸死他。但核弹的威力太过强大，必须用51区的能量防护罩把爆炸限制住，这就意味着五十一区就要失去防护罩的保护。这时帝禾还有一个小时就要被抽走了，大家抓紧排兵布阵。但是现在需要有一个人把核弹送上天，这个任务基本上有去无回。
这是前总统挺身而出，表示愿意牺牲自己，给女儿拼出一个未来。大卫他们此时也赶紧带领队伍出动，前往丰厚的位置，这个办法果然有用。蜂后很快就被假信号吸引了，然后带着部队开往了五十一区，很快和人类展开了激烈的交战。汤姆带着核弹和假信号飞离了51区蜂后也跟了过去。
而这时在岩湖上却突然出现了一辆小车，司机正是大卫的父亲，他带着一群小孩，成功的逃到了这里。但大卫此刻没有时间去关心父亲，他必须及时启动防护装置。在帕蒂的引导下，前总统看准时机，驾驶战机进入了丰厚所在的飞船，终于完成了自己的任务。
与此同时，大卫也开启了能量防护罩，随即汤姆按下核弹的开关，核弹在防护罩里爆炸，外星飞船被炸得粉碎。就在大家欢庆胜利的时候，突然发现敌人的战斗机还在战斗，这说明风后还没有死。原来风后身上的铠甲有独立的护盾系统，不一会儿，风后就爬出了废墟，他看到了岩湖上的校车，立即朝他们扑了。
眼看校车就要被吞噬，帕蒂带着战机及时赶丰厚的护盾系统十分强大。人类牺牲掉几乎所有的战绩，才成功的摧毁了互动，这是丰厚，十分愤怒。追着帕蒂的战机疯狂的进攻，很快战斗机就被击落了，帕蒂及时打开降落伞逃过了一劫。就在婚后准备攻击帕蒂的时候，杰克一行人死里逃生，即使出现就吓了他，然后对着风后一顿穷追猛打。
但这时在51区里关押的外星人全都跑了出来。他们看到了隔离舱里的白球，然后控制了博士的大牌，知道了他们的计划。外星人迅速通知了婚后，婚后这才发现自己被骗了。
失去护盾的女王，控制所有的外星战机，保护自己前往51区外星战机，组成了一个巨大的护盾。保护蜂后已取得白球杰克他们偷来的飞船此时也失去了控制，加入了护盾的队伍。中方浩拿到了白球，正准备离开
。杰克冒着生命危险，启动了巨变引擎，疯狂的在队伍里开始加速风后，看到了这个奇怪的战机，解开了对他的控制。战机成功的从护盾里逃了出来。然后高速俯冲而下，对着丰厚的背部不断设计，这里是丰厚的弱点。
没有了护盾，保护的风口直接被打的吐血倒地，白球也从他的爪子里滚落出来。女王一死，外星战机全部失去了控制，纷纷坠毁，正在抽取地核的外星飞船也同时停止了工作，人类又一次获得了胜利。
相爱的人也可以继续相守。奥肯博士更是激动不已，原来这个白球里面保存着很多超级文明的知识，有了这些知识，人类很快就能进行星际旅行了。并且到了那时，我们一定会打到敌人的老家去，让他们也尝尝我们的厉害。