当他们下降到地下24层之后，终于看到了这座神秘基地的阵容。总统很生气，这个国家竟然还有瞒着他的秘密。
基地的负责人带他们参观了1947年在罗斯维尔事件中获得的飞船，以及被做成标本的外星人。根据奥肯博士的介绍得知，外星人的本体其实不堪一击，但他们的盔甲坚硬无比。而且更加神奇的是，外星人都是用脑电波进行交流。
因为大卫成功破解过外星飞船的信号，所以总统决定让他研究这架飞船，看看能否找到外星人的弱点。这时，史密斯上尉也带着外星人来到了秘密基地。守门的士兵起初还不让他们进入，但是史密斯亮出了他的战利品后，吓得士兵赶紧对他们放行了。
外星人被带进来后，奥肯博士马上开始了手术研究，他们发现这个外星人身穿一层盔甲，刚刚脱下他的盔甲。外星人醒了过来，立刻做出反应，吓得众人连连后腿。就在博士还想继续解剖时，外星人用脑电波损坏了仪器设备。
还杀死了博士的同时，这时总统赶来，正好看到了这一幕，外星人趁机控制博士的身体，发出声音，要求总统马上放了他。而总统还幻想着跟他们和平共处，可外星人却说，地球人必须全部杀光，还发出刺耳的声波，袭击了总统，总统的头，感觉要炸开了一样，倒地不起。
将军见状，立刻掏出手枪击毙了外星人总统，这才恢复了正常。同时他也知道了外星人的计划，他们像蝗虫一样到不同星球去掠夺资源。
这次的目标是地球，他们早就派出过侦察飞船来过地球，对我们的一切都了如指掌，其中一些侦察飞船还坠毁在地球，被人类捡到了。
如果这次外星人侵略成功，地球将失去所有生命。将军希望使用核武器摧毁敌人总统之前一直犹豫不决，因为他不想在自己的国土上使用核武器，但现在已经没有其他办法，只好同意飞行中队全副武装，带着核弹出发。在他们发射完核弹后，亲眼看到核弹贴着飞船爆炸。
大家正比欢呼。然而不一会儿，收到观察者的消息，外星飞船依然完好无损，地球最强的武器竟然都无法伤害敌人，所有人都感觉到了绝望。这时大卫已经破解了外星人飞船的系统，但这并不能对敌人造成损伤，他感到很无力。
父亲不忍心看到儿子，这样，他劝儿子注意身体，小心生病。这话突然点醒了大卫，他要让敌人的飞船生病，大卫立马召集了工作人员开始试验，他让士兵对着飞船上的可乐罐开一枪。结果由于受到防护罩的保护，可乐罐安然无恙。
然后大卫将自己写好的电脑病毒上传到了飞船上，让士兵再次射击，结果可乐罐直接被打飞了，飞船的护盾竟然消失了。大家都非常吃惊，大卫马上说出了自己的计划，他要将病毒上传到外星人的母船里，只要母船重力病毒就会传播给其他飞船，这样就会同时解除他们的护盾，然后地球人的武器就可以杀死他们。
史密斯尚未自告奋勇，他要驾驶这架坠毁的小飞船登陆外星女船。去植入病毒，总统同意了这个计划，并将计划用摩斯电码发送给了全世界，号召所有国家的空军一起发起反击。所有的国家放弃了曾经的仇恨，空前的团结起来，一起对付外星人。
这一天正是美国的国庆日。总统在出发前发表了一场振奋人心的演讲。由于之前的战斗，空军损失殆尽，飞行员出身的总统最后也亲自上阵，准备和外星人拼的尼斯。我另一边大卫和史密斯一起登上了外星飞船，驾驶着他飞向了太空中的母舰。
当他们接近母舰的时候，正好看见外星人大军已经集结完毕，准备对地球洗劫一空。小飞船飞进母舰后，开始了自动对接，大卫找准时机，当即植入了病毒，同一时间，由总统带领的空军也开始行动。他们先尝试着发射了一枚导弹，结果却发现飞船的防护罩还在，大家都以为病毒植入的计划失败，于是全都掉头返回。但总统不甘心，决定再试一次。
第二枚导弹发射后，竟然成功的在外星飞船上爆炸，护盾真的消失了，众人欢呼，战机全部返回，导弹倾泻而出，外星飞船瞬间被炸开了花，赶紧放出了小飞船出来拦截，但是小飞船此时也没有了护盾，保护这次可以公平较量了。
一时间，天空中火花4起，就在空军打的正起劲儿的时候，导弹竟然消耗光了。然而外星飞船却还没有什么大的损伤，现在战机需要尽快返回补充弹药。
外星飞船此时又在聚集能量，准备发动能量攻击，总统将仅有的一颗导弹打出去，却没有击中要害。眼看外星飞船的能量聚集，就要完成了，一位老飞行员驾驶着战机冲向了发射。而这里正是外星飞船的要害。随着一阵剧烈的爆炸，外星飞船被彻底摧毁了，反击战大获全胜。
而这是在外太空的大卫和史密斯把一颗核弹留在了外星人母舰里面。然后两个人惊险的逃了出来。核弹在母舰中爆炸，巨大的飞船瞬间化成无数的碎块，瞬间吞没了史密斯。
他们的小飞船。幸好小飞船足够结实，顺利的飞了回来，二位英雄也平安的降落了地球。这场地球保卫战，人类终于取得了胜利。那么外星人到底来自哪里？他们会善罢甘休吗？