绍熙二年十一月，应祭天地宗庙。向例由皇帝亲祭，光宗无从推诿，没奈何出宿斋宫。这位心凶手辣的李凤娘，趁着这个空隙，召入黄贵妃，责她蛊惑病主，不异谋逆，竟令内侍持入大杖，把黄贵妃重笞百下。可怜她玉骨冰姿，哪里熬受得住？不到数十下，已是魂驰魄散，香消玉殒。李后见她已死，令内侍拖出宫外，草草棺殓，一面报知光宗，诡说她暴病身亡。光宗非常惊骇，明知内有隐情，断不至于无端暴毙，奈何身为后制，不敢诘问，并且留宿斋宫，不能亲视遗骸抚棺一诀，悲从中来解无可解。是夕在榻中翻去覆来，许久不曾合眼，直至四鼓以后蒙眬睡去，突见黄贵妃满身血污前来，此时也顾不得什么，正要与她抱头大哭，忽然外面一声怪响，顿将睡魔儿吓去，双眸齐启，并没有什么爱妃，但听得朔风怒号，骤雨倾盆，第二天到了坛前，祭品均已摆齐，只是没法燃烛。光宗头晕目眩，勉强拜了几拜。侍臣掖帝登辇踉跄回宫。嗣是终日奄卧，饮食逐日减少，渐渐的精神彻底崩溃。后人有诗叹曰：
到底名花不让人，
一枝竟占六宫春。
深宵侍宴承恩泽，
雨露从来不许匀。
光宗的病情时好时坏，无法正常处理朝政，这正中皇后李氏下怀。从绍熙三年开始，“政事多决于后”，大权旁落李氏之手。然而，她既无兴趣也无能力参决朝廷大政，权力对她而言，最大的作用就是可以为娘家大捞好处。她封娘家三代为王，侄子李孝友、李孝纯官拜节度使，一次归谒家庙就推恩亲属26人，172人授为使臣，下至李家门客，都奏补得官。李氏外戚恩荫之滥，是南宋建立以来所没有的。李氏家庙也明目张胆地僭越规制，守护的卫兵居然比太庙还多。李后一门获得的显赫权势、巨额财富，无疑都是其患病的丈夫光宗所赐。
李皇后只生有嘉王赵扩一人，立为太子本是顺理成章的事，但受到孝宗的阻挠。嘉王天性懦弱，孝宗认为其不适宜继承皇位，相比之下，魏王赵恺的儿子嘉国公赵抦生性聪慧，深得孝宗喜爱。当初光宗取代二哥赵恺成为太子，如今孝宗却宠爱赵恺之子，不同意将嘉王立为储君，无形中加深了光宗对孝宗的猜忌，光宗时时感到恐惧和不安。在他看来，父亲不仅对嘉王的太子地位，甚至对自己的皇位，都是潜在的巨大威胁。
在李后和宦官们的不断挑拨离间下，这种恐惧感逐渐成为光宗挥之不去的阴影，其心理和精神压力越来越大，终于导致了无端猜疑和极度偏执的症状。他视重华宫为畏途，不再定期前去问安，尽可能躲避着孝宗。天子孝行有亏，臣子劝谏责无旁贷，而臣僚们的这些言行更激起光宗的固执与疑惧，终于引发历时数年的过宫风波。
光宗病情不断加重，皇后李氏负有不可推卸的责任。她生性妒悍，又有着强烈的权力欲。一方面，她独霸后宫，不允许任何女人与她争宠，光宗对此只有忍气吞声，抑郁不乐；另一方面，她视孝宗夫妇为她皇后地位的最大威胁，想方设法离间孝宗、光宗父子，从很大程度上加剧了光宗的病态心理。
在过宫问题上，有些大臣对光宗晓之以理、动之以情，光宗有时似乎被打动，当时答应了过宫，但一入后宫，就会在李后操控下改变主意，最终也未能成行。一次，光宗在谢深甫等大臣的苦谏下传旨过宫，即将出发时，李后从屏风后走出来挽他回去，中书舍人陈傅良出班拉住光宗衣襟，一直跟随到屏后。不料却遭到李后的呵斥，陈傅良大哭而出。宗室赵汝愚是光宗较为信任的大臣，对于他的劝说，光宗也是反复无常。
孝宗听说儿子又犯病了，亲自到太医院弄到了一副好药，想给儿子送去吧，担心李凤娘从中作梗，于是就想等儿子回心转意来看望自己时亲手交给他。监视孝宗的太监给李凤娘汇报了此事，李凤娘又派人侦知，果然发现孝宗奉若宝贝的藏着药丸，李凤娘添油加醋，借题发挥，说孝宗要用毒药毒杀光宗，重新夺回皇位。光宗听后，对父亲又恨又怕。而孝宗眼见儿子疏远自己，心里更加悲苦。
光宗因受制于李凤娘淫威，病情越来越重，加之李凤娘权倾朝野，惯于在光宗面前搬弄事非，致使光宗和孝宗关系越来越僵，儿子儿媳联手对付孝宗，孝宗忧愤成疾。恰在此时，眼见光宗精神病越发频繁，朝臣请求立储以安定民心，按照宋朝规制，立储要得到太上皇恩准，在这个重大的原则性问题上，以光宗和李凤娘为主的一派要立自己的儿子，而孝宗鉴于自己选取接班人问题上的失败，以及对于自己二儿子的愧疚，打算立老二的儿子，双方互不相让，没曾想这种事最后间接助成了孝宗的身死。
为了取得孝宗首肯，李凤娘假惺惺请来了孝宗，以家宴为由逼迫孝宗同意立儿子嘉王为太子。孝宗当场表示不同意，李凤娘勃然大怒，马上撕破脸皮气势汹汹地质问：我是你们赵家明媒正娶来的，儿子是我和皇帝亲生的，又是长子，为什么不能立为太子?你到底安的什么心？”儿媳如此剽悍，撒泼，而光宗置若罔闻，始终一言不发，孝宗感觉蒙受了奇耻大辱，在急火攻心下，眼前一黑，当时就倒下了。
孝宗病来如山倒，在绝望中始终没有迎来儿子的回头是岸和临终关怀，在羞愤与困惑中，这个一生看重孝道的父亲在忤逆不孝的儿子儿媳双重打击下，晚景凄凉，自此次羞辱后没过多久即一命呜呼。史载，父亲孝宗去世后，光宗表现得非常冷漠，坚持四不政策，不主持丧礼，不参加追悼会，不穿孝服，不禁一切娱乐活动，饮宴如故。
孝宗生前对高宗极尽孝道，对不是自己亲生父母的高宗吴后当做父母养育，而到了他自己，却养育了一个逆子，孝宗的孝，是何等辛辣的反讽？孝宗生死弥留的最后一刻，不知道他是否明白，古代帝王家所谓真正的孝，其实都是因为权力使然，一旦没有了权力，孝也就适时消亡不复存在。
随着光宗病情的恶化，政局也开始动荡不安，群臣再也无法容忍这个疯子皇帝。绍熙五年（1194）七月，赵汝愚、韩侂胃等人在太皇太后吴氏的支持下拥立嘉王赵扩登基，是为宋宁宗。宋宁宗登基后，尊光宗为太上皇，尊李皇后为寿仁太上皇后，移驾泰安宫。
宋光宗此时对政权交接尚蒙在鼓里。当他知道后，长期拒绝接受宁宗的朝见，依然住在皇宫之中，不肯搬到为太上皇预备的寝宫里。他对于失去皇位的担心终于应验，病情因此又加重了。与他一同失势的李氏一反常态，对光宗不再像以前一样咄咄相逼，对他反而有同病相怜之心。她惟恐触动光宗脆弱的神经，常以杯中之物来宽解光宗心中的郁结，还反复叮嘱内侍、宫女，不要在光宗面前提起“太上皇”和“内禅”等敏感字眼。
恶贯满盈的李凤娘放下屠刀开始信佛，在宫里装修了精致的佛堂，穿上职业服每天诵经礼佛。但报应还是来了，她生病了，这一病就卧床不起，备受病痛的折磨。无限痛苦中李凤娘十分愤满：我已经放下屠刀了，为什么不让我成佛？
李凤娘最后病死在佛堂，报丧的人要去前朝给赵扩通报消息，守门人推说拿钥匙的人不知道哪去哪了，还是明天再说吧。第二天几个小黄人抬着李凤娘的遗体朝灵堂走，不知谁喊了一声疯皇来了，抬遗体的人的听到喊声后四散而逃，等到再收拾好遗体已经散发出臭味，好不容易才入殓下葬。这时天空中忽然电闪雷鸣，一声炸雷将李凤娘的坟头夷为平地，旁边邢氏的坟茔却安然无恙。
庆元六年（1200年）9月17日，光宗在寿康宫去世，享年五十四岁，葬于永崇陵。