明军以战车为工事，先以机炮、火铳、火箭等压倒性优势火力向着疯狂猛扑而来的日军射击，在大量杀伤集群冲锋的日军后，再以轻骑兵短促出击消灭逼近的少数兵将。明军以少敌多，击退了日军一次次潮水般的进攻，全体将士同仇敌忾，拿出了决死的勇气与十几倍的日军激战了一昼夜。战斗进行到最惨烈阶段时明军仅余九百余骑，弹丸、火药全部耗尽。危急关头，刘子清亦挥剑上阵，大明军旗始终屹立不倒，高高飘扬在阵地上。第二日，李如松和杨元先后率骑兵两千前来增援，从日军侧翼发起了猛攻。日军经过这一昼夜的激战伤亡惨重，已成强弩之末，误认为是明军主力发起了总攻，遂仓惶撤回王京。此战，明军伤亡近三千余人，而日军伤亡则超过八千。
这一仗奠定了援朝战役取胜的基础。日军虽然人数占优，但此时已无力出击只能被动防守。眼见要进入相持阶段，日军依仗有龙山大仓充足的给养，准备固守待援以此消耗明军，这一计划当即被刘子清识破。龙山大仓为朝鲜国家粮仓，积贮了朝鲜十几年的粮食，当王京被日军占领后，龙山大仓就成为日军的军粮库，后续日军运来的粮食都存于此处。李如松、刘子清得到这一情报后，两人相视会意一笑，当年曹孟德火烧乌巢的情形在脑海中闪过。于是，李如松密令查大受和李如梅率敢死队数百勇士深夜奇袭龙山大仓。出发前，刘子清给即将上阵的将士作鼓动，他慷慨激昂讲道：当年曹孟德精骑五千攻取乌巢，一举烧掉那里的粮草，从而奠定了官渡之战胜利的基础。如今你们五百精兵，胜过当年的曹兵五千；援朝战役，千秋功业，系于你们一身。这十三座大仓，数十万石粮食，如果烧毁，我们就是不打，日军也会饿死、冻死。敢死队将士听到刘子清的激情动员，精神受到极大鼓舞，无不斗志昂扬。一场激战后，大火终于在龙山大仓燃起，十数万兵士的粮食装备，一夜间被烧的干干净净，这一把大火将本已陷入危境的十几万日军置入绝境。
四月十八日，春暖花开的时候，日军撤出京城退到了釜山一带，放回了俘虏的朝鲜两王子。李如松、刘子清于四月十九日率东征大军浩浩荡荡开进京城，五月十五日又收复了庆州。至此，除全罗和庆尚二道部分沿海地区为日军占领外，其余各地全部收复。明军留下一万人驻守朝鲜，其余所部于七月底回国。东征大军在入朝参战的短短四个月的时间里，如雄风狂飚，掠地千里，横扫半岛；收复了平壤、开城、王京三都，树立了大明王朝的天威，粉碎了日本占领朝鲜的企图，对外影响很大。丰臣秀吉在战争末期死去，日军全部从朝鲜撤退。
在回国途中，得胜的明军将士都欢声笑语，而刘子清却一脸肃穆，一语不发。李如松十分不解，以为师兄是接连征战，离家日久，有心事，就开起玩笑说：“师兄是想家了吧。”刘子清摇摇头，越发沉默。而李如松激动的心情并未因刘子清的沉默而减弱，得胜班师，一路凯歌。
过了鸭绿江后，刘子清终于开口讲话。他劝李如松说：你已征战了半生，平定西北，东征奏凯，如今立下这盖世奇功，已是功成名就。纵览古今名将亦难如此，不如就此解甲归田，跟我一起回江南吧。每日看着花开花落，莺来燕往，对绿水青山，赏淡云烟霞……李如松看了看师兄，以为这就是他这一路沉默的原因，不仅放声大笑道：“此生既以属国，当报君恩，自古以来，为将者无不以血洒疆场，马革裹尸为最终归宿，哪能只顾自己贪图享乐。至于啸傲山林，观风赏月，此非我愿也，我平生最欣赏戚将军的一首励志诗：
南北驱驰报主情，江花边草笑平生。
一年三百六十日，都是横戈马上行。
我虽不敢自比“武毅公”之胸怀，然以他为楷模还是做得到的。”说罢遥望京城方向，饱含深情，在马上深情的拜了一拜，然后策马前行。刘子清知道劝不动他，就想迀回一下，打马追上来说：“那进京面圣后和我一同回江南看看师傅吧。”李如松说：“我也是真想师傅了，可身负重任，圣命难违。你就替我在师傅身边多照顾他老人家吧，等辽东真正太平了，我再下江南看师傅去。”刘子清精通阴阳术数，他算出李如松命里有此一劫，可又劝说不得，所以一路上怏怏不快。也许是天意难违，尽管刘子清用心苦劝，奈何李如松心坚似铁，不为所动。
万历二十一年十二月，李如松、刘子清回师进京面圣。万历皇帝大喜，论功行赏，加封李如松太子太保，中军都督府左都督。刘子清因不愿在朝为官，拒受封赏，请辞回家。从西北到东北和朝鲜，征战千里，他和李如松配合默契，谋定战略，铁血万里，立下不世之功。然他志不在此，先人遗训言犹在耳，官场不可久恋。他此行也已完成了自己的使命，验证了“刘氏算经”的实用性，不负自己平生所学。他只身一人，随从也不带一个，悄然返回绍兴府山阴；然而他终究没能够见到老师，徐渭已于两个月前病逝家中。
徐渭有两个儿子，长子徐枚和次子徐枳。徐枚将父亲留下来的书稿交给刘子清说：这是家父临终前交待，嘱咐我们一定要将此书亲手交给你。刘子清接过一看，是《徐渭兵法》，心里一酸，泪水止不住流下。此书为老师一生呕心沥血之作，传给自己，这是恩师对自己的最大认可。其实徐渭已经得知了李如松、刘子清取得大胜的消息，当时是重病缠身，卧床多日，消息传来时，精神为之一振。他知道刘子清无意于官场，回京后定不接受封赏而离开军营；只是他并不知道李如松将要遭难。徐渭是军事谋略家，但不是神算子，而刘子清的推算得于家传。他不仅早已预测李如松将有大难，而此后的大明朝也难长久，这一切都非人力所能挽回。当徐渭感到自己身体一日不如一日，知大限将致。把徐枚、徐枳叫到床前，将自己毕生所着诗、书、画悉数交于二子，说道：“这些你们拿去变卖了吧。我一生无所积蓄，没有家产，只存这些书画，虽不值千金，但足以让你们能安逸生活。另外拿出《徐渭兵法》书稿嘱咐说：这本书对于你们毫无益处，不但换不来钱财，留在身边还会招来灾祸，一定要把它交给刘子清。”
刘子清在老师的坟前，烧纸祭奠，低声泣诉，向老师汇报一路征战详情，同时遥望北方，替李如松担忧。
回到苏州后，刘子清娶妻成家，从此闭门谢客。闲来读经书，无事入棋局，再不过问朝廷之事，过起了寻常百姓的生活。一年后长子天石出生，天石自小不喜诗书经传，刘子清为其讲读《刘氏算经》，他也不上心，兴趣全不在此。刘子清顺其自然，也不勉强，八年后女儿出生，因其五行中单缺木，取名“仙枝”。其母徐氏在生下“仙枝”时得了产后病，一直是卧病在床，从小就在娘亲病床前侍奉的仙枝，因此走上了从医之路。
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