在分封之中，朱元璋曾规定凡受封诸王必须离开京城，到封地就藩。不允许各亲王之间相互往来，即使入朝，也不能同时前来，必须一王离京，另一王才可启程。朱元璋此举的目的在于避免诸王相互串联，与中央相对抗。所以，诸王就藩，可以说是“生离死别”。但朱元璋的用心良苦，却未能收到预期的后果。
“靖难”遗训
明太祖朱元璋不仅分封诸子为藩王，而且在其成法中有一条是关于“靖难”的。朱元璋当国时，恐权臣篡权，规定藩王有移文中央索取奸臣和举兵清君侧的权利，他在《皇明祖训》[8]中说：“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧。”后来的朱棣即以此为理由，指齐泰、黄子澄为奸臣，须加诛讨，并称自己的举动为“靖难”，即靖祸难之意[9]。故而靖难之役中朱棣的口号是“清君侧，靖国难”。
这其中，“靖难”的意思：“靖”指平息，扫平，清除。“靖难”代表平定祸乱，平息战乱，扫平奸臣的意思。不过太祖的成法里面还有一条就是皇帝先召唤藩王，藩王才能起兵，且成功铲除奸臣后要五日之内离京。所以这不过是朱棣想要夺取皇位的一个借口而已。
战争起因
建文即位
洪武二十五年（1392年），皇太子朱标病死，明太祖立朱标次子朱允炆为皇太孙。朱允炆因生性“颖慧好学，性至孝”，而深得朱元璋的喜爱，朱元璋称赞他“而诚纯孝，顾不忘我乎。”[10]不过，对于这位“仁柔少断”的皇太孙将来继任帝位，朱元璋并不十分满意，曾一度打算更换太子，后因翰林学士刘三吾的劝谏，才没有这样做。
尽管如此，朱元璋对朱允炆的继位仍放心不下。洪武三十一年（1398年）闰五月，朱元璋病故，庙号太祖，皇太孙朱允炆即位为帝。临终前，朱元璋立下遗诏，“皇太孙允炆仁明孝友，天下归心，宜登大位。内外文武臣僚同心辅政，以安吾民”、“诸王临国中，毋至京师”。
朱允炆即位，是为明惠帝，改元建文。尽管有朱元璋的遗诏，不许诸王“入临、会葬”，但燕王朱棣仍直奔京师（今南京）。朱允炆闻讯后，立刻派人持敕，令朱棣返回北平（今BJ），对此朱棣十分不悦。
藩王势大
建文帝即位时，镇守北部边疆的诸王已有很大的权势，宁王朱权“带甲八万，革车六千”。燕王朱棣更握有“节制沿边士马”的重权。朱允炆对这些皇叔们忧心忡忡。建文元年（1399年）正月，朱允炆即位不久，燕王朱棣即遣长史葛诚入朝奏事。朱允炆遂向葛诚密问燕王府之事，葛诚如实禀告，乃派他返回燕王府，作为内应。葛诚回到燕王府，朱棣见他神色不对，心中不免作疑。随即朱棣亲自入朝，他自恃皇叔身份，径直走皇道入宫，登陛不拜。监察御史曾凤韶弹劾其不敬，户部侍郎卓敬也密奏，以燕王“智虑绝人”，建议将他徙封至南昌，但都被朱允炆以“骨肉至亲”，婉言拒绝。朱棣察觉到朝廷对自己怀有戒心，回燕王府后，便托辞患病，以观事态的变化。