嬴政派王翦前往平叛。王翦派说客混进叛军，见到了长安君，递送了劝降书信，情理并用，恩威并施。长安君归降，叛乱平息。樊于期逃奔燕国。但可惜的是，长安君后来并没有保住性命。
铲除吕氏
秦王政即位之初由于年少，国政由相邦吕不韦所把持。吕不韦权倾朝野，又与太后偷情，见秦始皇日渐年长怕东窗事发想离开太后，又怕太后怨恨，所以献假宦官嫪毐给太后。
嫪毐与太后在秦故都雍城（今陕西凤翔）生下了两个私生子，以秦王假父自居。在太后的帮助下，嫪毐封长信侯，领有山阳、太原等地，自收党羽，在雍城长年经营，建立了庞大的势力。
秦王政九年（前238年），嬴政前往太后所在的雍城行郊礼。王翦领兵镇压咸阳，派三万精锐保护秦王西行。秦王离开后，吕不韦在国都咸阳把持国政，王翦不动声色，调遣兵力，严阵以待，以防吕不韦伺机生变。嫪毐因淫乱宫闱的罪行败露，发动兵变，进攻秦王嬴政所在的蕲年宫，史称“蕲年宫之变”。秦王及时察觉了这一阴谋，抢先发兵平定叛乱，追斩嫪毐，在咸阳清洗了嫪毐集团数百人，因此事涉及吕不韦，不久就免去了其相邦之职。不久，在王翦的建议下，将其赐死，秦始皇全面掌握了国家权力。
人物评价
总评
王翦是秦国杰出的军事家，也是继白起之后，秦国不可多得的大将之材。作为秦代杰出的军事家，王翦主要战绩有破赵国都城HD，消灭燕、赵；以秦国绝大部分兵力消灭楚国，与其子王贲一并成为秦始皇兼灭六国的最大功臣。杰出的军事指挥才能使其与白起、李牧、廉颇并列为战国四大名将。王翦一生征战无数，他智而不暴、勇而多谋，在当时杀戮无度的战国时代显得极为可贵。秦始皇二十六年（前221年），秦国兼并了所有的诸侯国，统一天下，王翦和蒙恬立的战功最大，王翦是唐朝琅琊王氏和太原王氏的始祖。
历代评价
司马迁：“王氏、蒙氏功为多，名施于后世。”“王翦为秦将，夷六国，当是时，翦为宿将，始皇师之，然不能辅秦建德，固其根本，偷合取容，以至筊身。”
班固：“若秦因四世之胜，据河山之阻，任用白起、王翦豺狼之徒，奋其爪牙，禽猎六国，以并天下。穷武极诈，士民不附，卒隶之徒，还为敌仇，猋起云合，果共轧之、急城杀人盈城，争地杀人满野。孙、吴、商、白之徒，皆身诛戮于前，而国灭亡于后。报应之势，各以类至，其道然矣。”
司马贞：“白起、王翦，俱善用兵。递为秦将，拔齐破荆。赵任马服，长平遂阬。楚陷李信，霸上卒行。贲、离继出，三代无名。”
杜牧：“周有齐太公，秦有王翦，两汉有韩信、赵充国、耿恭、虞诩、段颎，魏有司马懿，吴有周瑜，蜀有诸葛武侯，晋有羊祜、杜公元凯，梁有韦睿，元魏有崔浩，周有韦孝宽，隋有杨素，国朝有李靖、李勣、裴行俭、郭元振。如此人者，当此一时，其所出计画，皆考古校今，奇秘长远，策先定于内，功后成于外。”
苏轼：“善用兵者，破敌国，当如小儿毁齿，以渐摇撼，而后取之，虽小痛而能堪也。若不以渐，一拔而得齿，则取齿适足以杀儿。王翦以六十万人取荆，此一拔取齿之道也。秦亦惫矣，二世而败，坐此也夫。”
李复：“少李轻兵去不回，荆人胜气鼓如雷。将军料敌元非怯，能使君王促驾来。”
陈元靓：“周凤不鸣，秦虎方视。将争善战，图一得志。破赵匪难，取燕孔易。战乃既败，频伤无愧。秦兵载授，祖龙服义。菩田亟读，深谋自遗。六十万卒，恒恒暨暨。乃献负过，终平楚地。”
《十七史百将传》：“孙子曰：‘识众寡之用者胜。’翦谓伐荆当用六十万人。又曰：‘谨养勿劳，并气积力。’翦坚壁休士，投石超距而后用是也。”
黄道周：“王翦事秦，论荆明果。六十万人，缺一不可。李信少年，以毛赴火。兵败再兴，其计已左。空国伐人，其不疑我。美宅田园，故请琐琐。大国虽伤，其中犹夥。士卒投超，尚思闪躲。兵去追奔，万全方妥。为将阴残，一世坎坷。三世不详，王离被虏。”
邓廷罗：“古之善用众者，莫如王翦、韩信。”
《千字文》：“起翦颇牧，用军最精。宣威沙漠，驰誉丹青。
后世地位
唐朝建中三年（782年），礼仪使颜真卿向唐德宗建议，追封古代名将六十四人，并为他们设庙享奠，当中就包括“秦将王翦”[30]。同时代被列入庙享名单的只有：孙膑、田单、赵奢、廉颇、李牧。
宋代宣和五年（1123年），宋室依照唐代惯例，为古代名将设庙，七十二位名将中亦包括王翦。在北宋年间成书的《十七史百将传》中，王翦辽亦位列其中。
相关成语
“尺有所短，寸有所长”出自《史记·白起王翦列传》，司马迁评价白起、王翦二人说：“白起算计敌人能随机应变，计谋无穷，声震天下，却不能对付应侯给他制造的祸害；王翦身为秦将，平定六国，是当时的元老将军，秦始皇尊他为师，可他不能辅佐秦始皇建立德政，巩固国家的根基，却苟且迎合，取悦始皇，直至死去。他的孙子王离成了项羽的俘虏，不也是理所当然的吗？他们各有自己的短处啊。”
后世比喻人或事物各有其长处和短处。
家族成员
儿子：王贲，秦始皇统一六国时主要战将，曾水淹大梁，灭魏；直抵临淄，灭齐。因功封通武侯。后随秦始皇东巡琅邪。
孙子：王离，字明，继其父为秦将，率兵戍边备匈奴。秦末农民起义爆发，率兵南下，后被项羽所杀。
曾孙：王元、王威。
后世纪念
王翦墓
王翦墓位于富平县东北20千米处的到贤乡巨贤村北。
王翦墓为长方形，南北长40米，东西宽30米，高9米，顶部平坦，在墓的西北200米处有南北排列的六座小冢，传为埋着六国王侯的衣冠、图书和俘虏等，是为了表彰王翦统一中国的战功而修的，现六冢已平，仅留遗迹。
1956年8月6日，王翦墓被SX省人民委员会公布为第一批SX省重点文物保护单位。
1983年6月，富平县人民政府立标志碑。
史籍记载
《史记·秦始皇本纪》
《史记卷七十三白起王翦列传》
《史记·廉颇蔺相如列传》