汉明帝登基后，继续奉行光武帝在位时期为巩固东汉统治而推行的各项政策。对于依仗权势，作威作福的外戚、大臣严加惩处。比如护羌校尉窦林系大司空窦融亲属，既是功臣子弟，又是外戚之家。
永平二年（59年），窦林坐欺君罔上、贪赃枉法罪下狱论死。汉明帝以窦融管教子弟不严，数次下诏责罚，将窦融罢官。后来，汉明帝之弟楚王刘英、广陵王刘荆、司徒虞延、司徒邢穆等都以有罪自杀；河东尹薛昭、司隶校尉王康、驸马都尉韩光等也都先后坐事论死。可见汉明帝对于外戚、大臣以至宗室诸王控御极严，一旦犯法，从严治罪，决不因其官职高、地位亲近而加以宽贷。于是，群臣震恐，朝廷肃然。
汉明帝还能纳谏，听取逆耳之言。比如：汉明帝大起北宫，尚书仆射钟离意建议停工，立即得到采纳。他还下令废除度支日（每月初一至初六日）不受章奏的旧制，以便远方来京臣民随时诣阙奏事。
整顿吏治
汉明帝还注对地方官吏进行严格的考察和黜陟。从慎重选举官吏着手，对吏治进行整顿。永平九年（66年）又“令司隶校尉、部刺史岁上墨绶长吏视事三岁以上理状尤异者各一人，与计偕上；及尤不政理者，亦以闻。”规定出对地方官吏的考察黜陟制度，每年进行一次。在选官用人上，刘庄严令杜绝权门请托。他的姊妹馆陶公主为子求郎，不许，而赐钱千万。
勤于政事
明章二帝均以勤政著称，汉明帝即位后，每天二更就寝，不到五更就起床读书，批阅奏章。他自认威望不如父亲光武帝，必须更加严格，才能保证纲纪整肃，吏治清明。因此，对待臣下更为严厉、苛刻，甚至亲自责打有过失的官吏。
政宽刑疏
史称汉章帝忠厚仁义，笃于亲系，而且汉章帝的政令刑罚的确也是比较宽疏。例如依东汉制度，官员贪污要禁锢三世，即三代人都不准为官。汉章帝废除这项制度。而汉章帝对官员和贵族的赏赐，往往超过规定的限额，造成国家财政的困难。
汉章帝的一些政令刑罚，有时并非建立在事实基础上，而在于灾祥谶纬之学。建初元年（76年），兖、豫、徐等州发生严重的旱灾，赤地千里，饥民遍野。汉章帝一方面调集国库粮食紧急救援饥饿中的人民，一方面召集大臣商讨解决办法，按照当时人们流行的看法，水旱荒年是由于阴阳失调，而阴阳失调又与政事有关。司徒鲍昱痛陈时弊：“前几年治楚王刘英狱，抓人成百上千。这些人并不是都有罪，受牵连而坐狱的人恐怕有一半是冤枉的。那些判处徒刑的人远离家乡、骨肉分离，死了灵魂也不得安息。这就致使阴阳失调、水旱成灾。现在不如赦免这些刑徒，解除监禁，让其回家和亲人团聚，这样也许能致和气，使天降甘露、解除旱情，免除黎民百姓的痛苦。”尚书陈宠也上疏说：“治理国家大事就如调整琴瑟的弦一样，弦调得太紧就会崩断，刑罚太严也会激起人民的不满。建议陛下进一步宽缓刑罚。”汉章帝听从他们的建议，大赦天下，宽缓刑罚。