西汉末年，王莽相继为大司马、尚书令，逐渐掌握了实权，后自立为帝，国号新。王莽不以国号“新”为理念，九卿的名字全以《尚书》的文章为准。大司农改为羲和，后更为纳言；大理改为作士；太常改为秩宗；大鸿胪改为典乐；少府改为共工；还有，“光禄勋”等改为六监。就连百官、宫室、郡县都换了名称。但这些仅仅都是“托古改字”而已，同“托古改制”是不一样的，换汤不换药。
东汉从刘秀称帝起到曹丕废掉献帝共197年，其中以光武、明、章三帝时期为短暂兴盛，而后东汉历经外戚、宦官之祸，少数民族叛乱到黄巾起义，到最后所谓三国诸侯割据时代，一直是内乱不已。所以东汉在前期基本继承西汉官制略有改革，而在中后期则因内乱的局面而逐步抬升了军事官职的地位，也有几人以文官而称雄于世。
光武帝即位时以大司马、大司徒、大司空为三公，27年后才改大司马为太尉，并把大司徒，大司空的“大”字去掉，称司徒，司空。司空的职能已经从往日的监察“改行”去管“营城起邑，浚沟洫、修坟防之事”。[10]
东汉光武帝在对皇权的加强上，比起西汉更有过之而无不及。光武帝亲政时，扩大尚书台的权利，职无不统。《通考·职官考》云：“至后汉，则（尚书）为优重，出纳王命，敷奏万机，盖政令之所由宣，选举之所由定，罪赏之所由正，斯乃文昌天府，众务渊薮，内外所折衷，远近所禀仰。”
三公被架空，只有议事功能，没有实际权利，以后尚书台成为东汉时期的决策机构，国家中央权利全部集中在皇帝的宫廷办公厅内，且三公往往因小事而被辞退，三公地位逐步降低。最明显的就是（大）司徒，相当于西汉时期的丞相，再也没有西汉时期当皇帝上宾的好运气。如韩歆为司徒，因好直言，无所隐讳，光武帝不能容忍，把他免官，遣归乡里，并下诏责之。韩歆惶恐不安，与其子婴皆自杀。其后欧阳歙、戴涉为大司徒，皆以罪下狱死。
东汉时期太傅拜为上公。光武帝以卓茂为太傅，封褒德侯，食邑二千户，赐几杖车马。此后，每当新皇帝即位，辄置太傅录尚书事，总揽朝政。黄巾之乱后，董卓以太师自封，位在太傅之上。这些官位均不常设，历任太傅录尚书事都在死后被除其官名。
东汉沿西汉旧制，同置九卿。其所职掌，也与西汉略同，只是机构的裁并，属官的精简，有异于前。此外，东汉的九卿，分别隶属于三公。太常、光禄勋、卫尉三卿，为太尉所领；太仆、廷尉、大鸿胪三卿，为司徒所领；宗正、大司农、少府三卿，为司空所领。抛开现实意义不说，仅从官制的创新上来看，这是一项创新。它削弱了司徒的职权，三公各行使一部分国家权利，使官制更加合理。但从权利的角度上来看，司徒所领太仆、大鸿胪均是虚官。太仆服侍皇帝，没有参与国家政事的权利。大鸿胪执掌少数民族及外交事务，这对一个自称天朝的国家来说，除了在某些施威仪时可利用外，其他时候无足轻重。仅仅留下一个管人头的廷尉还有点文字上的地位。
东汉自汉光武帝以来就战事频繁，所以除三公、九卿、尚书台以外，东汉又有各级将军，也是中央要员。有大将军，其次骠骑将军、车骑将军、次卫将军，又有前后左右将军。其中大将军位在三公之上，骠骑将军、车骑将军、卫将军在三公之下。前、后、左、右将军，位在上卿之下，不常置。东汉中期以后，太后临朝称制，外戚执政，常假借兵权以自重。于是，大将军便成为中央的主要官员了，并与太傅三公合称为五府。
东汉末年，诸侯割据，董卓、曹操分别掌握过中央政权。董卓曾经集太师、大将军、相国为一身。其中又以相国为尊，位居三公之上。曹操掌权时，罢去太尉、司徒、司空，又置丞相、御史大夫，曹操自为丞相，至其死。
三国时期
三国时期，窃汉朝天下的魏国实力最强，同时也是和东汉一脉相承的势力，在官制上也延续于曹操“挟天子以令诸侯”的时期。蜀国以汉朝正统自居，所以汉朝遗风比较重，但是在诸葛孔明治蜀时有无尚书台一说还有待考证。吴国统治者坚持从自己的实际情况出发，在个别官职上动了动小手脚，但并没有值得一提的改革。房玄龄评价到：“孙吴、刘蜀，多依汉制，虽复临时命氏，而无忝旧章。”在三国时期官制上的真正创新，大多出于魏国，其中以置中书省影响最大。
曹操为魏王时，初置秘书令。曹丕称帝初，改秘书令为中书省，有监、令两臣，由通达文学的士人担任，当时的文学就是现在所说的学术。监、令之下有中书侍郎、通事舍人、著作郎等属官。尚书省在名义上是皇帝的秘书班子，实际上有些机密命令的下达并不通过尚书省。从此尚书台的权利又渐渐转移到中书省，逐渐形成了中书“实握事要”，操纵政务的局面。曹魏加强中书权力和扩大官制组织不但是这一个国家的事情，而且是整个三国时代官制的一大变化，影响极为深远，也备受重视。历来被认为是中国官制史上中枢机要改变的一个标志。原来都认为秦汉机要之位，由丞相而归三公。东汉机要之位，由三公而归尚书。魏晋机要之位，由尚书而归中书。
两晋南北朝
西晋虽承魏制，但相对于魏国改革汉代官制一样，西晋在中央官制的变动上迈的步子则更大了。虽然都还有三公，也有九卿，也还听得到太傅、太保之类的官名。但西晋已经逐渐继承并发展了尚书省、中书省及门下省。这就是隋文帝所制三省六部的雏形了。
自秦以来皇权和相权就一直是国家中央机构矛盾的焦点。在汉武帝时，置尚书台，宰相的权利向尚书台转移，东汉时这样的转移更甚，尚书台位至宰相之上。魏国初置中书省，尚书台的权利又向中书省转移。西晋置中书省，本只是皇帝的侍从和顾问机构，但因亲近皇帝而显得很重要。从三省的职权来看，他们都为皇帝服务，皇帝是国家的直接治理者，这与三公九卿制有根本区别。皇帝为加强皇权，拼命的扩大三省权利，扩充三省机构，三公九卿制被严重冲击。三公之中除丞相省置无恒且尚有实权外，九卿已徒有虚名，到了东晋时甚至已经可有可无。东晋桓温说：“今事归台阁，而九卿为虚设，皆宜省并。”台阁指的就是尚书省的别称。《后汉书·仲长统传》载《昌言·法诫篇》云：“光武皇帝……政不任下，虽置三公，事归台阁。”唐李贤注：“台阁谓尚书也。”因汉尚书台在宫禁内，乃有此称，掌与公府对举。
哀帝省掉了光禄勋、大司农。元帝省掉了太仆。东晋后，大鸿胪有事则置，无事则省，宗正并到了太常之下，又省掉了少府。于是乎，东晋后九卿就只剩下了三卿充充门面。三公九卿一制名存实亡。
到了南北朝时期，虽然朝代变更不止，少数民族入侵，但是在中央官制上并没有阻止三公九卿的进一步衰败。刘宋出了一种“三公”“三司”“两大”的中央官制。三公就指太傅，太师，太保；三司是太尉、司徒、司马；二大指大将军、大司马。但已经不设九卿。
隋朝
隋朝统一中国后，隋文帝制三省六部，原本的三公也被取缔。三公九卿制基本宣告寿终正寝。
职务演变
三公
三公是中国古代朝廷中最尊显的三个官职的合称。周代有此词，西汉今文经学家据《尚书大传》、《礼记》等书以为三公指司马、司徒、司空。古文经学家则据《周礼》以为太傅、太师、太保为三公。秦不设三公。西汉初承秦制辅佐为三公。
汉武帝刘彻为了加强集权制而削弱了丞相的权力。昭帝时，霍光以大司马大将军的职位辅政，以后享权重臣如张安世、史高、王凤等人，都居大司马大将军之位。于是大司马权越丞相之上。成帝绥和元年（前8），采纳何武的建议，将御史大夫改为大司空，又把大司马、大司空的律禄提高到与丞相相等，确立起大司马、大司空和丞相鼎足而立的三公制。哀帝元寿二年（前1）改丞相名为大司徒，和今文经所说的三公名称完全一致。又将原有的太傅和新增的太师、太保置于三公之上，头衔高而无实权。西汉未虽是三公鼎立，但仍以大司马权力最大，如董贤、王莽均以此职而专擅朝政。新时，沿袭了西汉三公制。
东汉初仍设三公官。公元51年，改大司马为太尉，改大司徒、大司主为司徒、司空。三公各置秩为千石之长史一人，又各置掾属数十人。以太尉为例，下有分管诸事的西曹、东曹、户曹、奏曹、辞曹、贼曹、金曹、仓曹等曹。三公府当时简称为三府。三公中仍以太尉居首位。
汉光武帝刘秀推行更极端的帝王集权，不使权归大臣，名义上仍设名位显贵的三公官，但实权渐归尚书台。和帝、安帝开始，外戚、宦官更更迭专权。外戚窦宪、梁冀等，都拜为大将军，大将军开府置官属，位在三公上。三公不仅受制于尚书，而且还要俯首听命于外戚、宦官，有的甚至就是他们的党羽和亲信。按照经学家的说法，丞相辅佐天子理阴阳、顺四时，如果出现各种灭异，皇帝丞相都要引咎自责。东汉时，皇帝犯罪责推向三公，故每有水旱等灾，三公常被策免。所以仲长统说三公有名无实，“备员而已”。
东汉末年董卓为相国，居三公之上。公元208年，曹操罢去三公而又置丞相，操自为丞相。两汉时实行了两百年之久的三公制至此遂告终止。
曹魏重新恢冥三公之制。在魏晋南北朝时期，三公依然位居极品，且开府置僚佐。但实权则进一步向尚书机构转移。至隋，三公不再开府，僚佐全部撤销，完全变成虚衔或“优崇之位”。宋代以后，往往亦称太师、太傅、太保为三公，但其虚衔性质不变，并渐次演化成加官、赠官。明、清同。
九卿
各代“九卿”不一。西汉时九卿是列卿或众卿之意。先秦文献中有三公九卿之说，但秦并没有这种制度，西汉初也不见九卿名称。仅武帝以后由于儒家复古思想的影响，人们就以秩为中二千石一类的高官附会成古代九卿。宣帝、元帝时，九卿称谓出现于诏书中。但《汉书》中所见的卿，有太常、光禄勋、太仆、廷尉、大行、大鸿胪、宗正、大司农、少府、卫尉、执金吾、右内史、左向史、主爵都尉、太子、太傅等十几种官。将九卿定为九种官职，则始于新，其制中以中二千石为卿。即以大司马司允、大司徒司直、大司空司若、羲和、作土、秩宗、典乐、共工、予虞为九卿，分属于三公。
东汉和新一样，中央政府中设有九卿的官职。《续汉书》将太常、光禄勋、卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、大司农、少府定为九卿。九卿固定为九官后，和九卿相近的其他重要官员被排斥在九卿之外。东汉末到三国，有人就试图为这种不合理的现象辩护。刘熙《释名》否认汉有九卿之说，认为所置是十二卿；韦昭《辩释名》则认为九卿是指正卿，九卿之外尚有所谓外卿。
魏晋以后九卿多同东汉之制，仅廷尉有时改称大理；北魏改少府为太府。故隋唐九卿为太常、光禄、卫尉、宗正、太仆、大理、鸿胪、司农、太府，已无行政之权。南宋、金、元，九卿多有省并。明、清遂改以吏、户、礼、兵、刑、工为六部尚书，都御史，大理寺卿、通政司使为九卿，以前的九卿之官或有保留，但已成虚衔或加官、赠官。