宗王乃颜叛乱，朝廷亲自征讨，并召董士选到行军驻地，并与李劳山一起带领汉人组成的军队前去平叛。乃颜叛军见董士选部一路杀来，遂命令手下人一阵箭射，只见飞矢如雨。即使这样的险境，董士选带领步兵拨打飞箭继续前进。双方展开激战，终以朝廷军队胜利而宣布结束。董士选缓急进退有礼，朝廷忽必烈颇为善待于他。
元成宗铁木耳继位，董士选在建康（今南京）行使枢密院一职，没过多久，董士选拜江西行省左丞。斯时，江西盗匪刘六十伪立名号，聚众上万多人，在当地为非作歹鱼肉百姓。
朝廷派遣军队前往征讨，元朝主将四处观望畏畏缩缩不肯出战。当地镇守官员又怕扰民，致使盗匪日益猖獗，气焰嚣张。
董士选得知消息后，便自告奋勇向朝廷要求前去剿灭贼寇，众大臣闻听之后，一个个笑逐颜开便欣然托付于他。董士选领命之后，便马不停蹄直奔盗匪老巢。不仅如此，董士选不要求带领精兵强将，而是率领官吏李霆镇、元明善二人，持文书以去。朝中众大臣面面相觑，不知道武节将军董士选葫芦里卖的是什么药。董士选与就伴的两人来到江西境内，遂逮捕欺压百姓的那些害群之马。老百姓奔走相告交头接耳道:“不知道还有这样深得民心的官法。”
董士选等人进到兴国县，那里距贼巢不到一百里地，便挑选将校官员并命令他们分兵守地待命，观察辨别那些动乱分子，一旦查出均按国家法律进行制裁。对于明知不报私自窝藏包庇之人，一经查处严惩不贷。
于是当地老百姓听到这条消息后，一个个争先恐后纷纷拿起法律武器争相检举作奸犯科之人。没有几天时间，董士选遂擒贼首，其余从众一律遣送回家务农。从贼首那里搜出一些文书，附近郡县的富人名单具列其中。李霆镇、元明善请求把这些单据文书账单一同烧掉。熊熊大火旁，围观群众莫不兴高采烈欢欣鼓舞。自此以后，民心益安。
董士选遂派遣使者向朝廷禀告镇压按抚之事。
中书平章政事博果秘密召到来使，说:“董公写功劳簿上了吗？”使者说:“我一直在行动，可董左丞一再叮嘱:‘朝廷若问起军功，你就说镇压安抚没有遭受多大波折，只要我得以免罪，那是多么幸运的事情呀！至于军功，没有人可以信服。’”于是，使者取出文书，只请求罢黜几个贪官污吏而已，至于破贼之事，只字不提。
朝廷与群臣商议，均深深叹服董士选识大体顾大局。之后，董士选拜江南行御史台中丞。董士选廉洁自律威武霸气且尚以朴素着称，不言而严肃，凛然有大臣之风。
之后，董士选入佥枢密院事，不久，拜御史中丞。前中丞崔彧久任风纪，善斡旋以就事功。那时，丞相谔勒哲重用刘深，让他出师南征八百媳妇国（古代西南蛮之一，世传其王有八百个妻子而得名。），彼此相距数万里，远冒烟瘴，加上水土不服。这支部队还没参加战斗，卒死者十已七八。
不仅如此，丞相谔勒哲驱赶民夫打圈圈绕弯弯运送粟粮饷军。由于溪谷之间狭窄，运粮车根本就过不去。无奈，只好让人们肩挑手扛才能到达。每个挑夫负担八斗粟粮，旁边还得有几个人帮忙。
就这样，挑夫行走一趟需要几十天，致使民夫道毙者达到了几十万人。朝廷内外，一片哗然。而谔勒哲对朝廷说:“江南之地都是始祖所取，朝廷不发动这场战役，则无功可见于后世。”朝廷闻罢，遂采纳谔勒哲建议，用兵意志更加坚定。故此，朝廷内再也没有人敢进谏了。
江南御史台中丞董士选获悉这一重大事件后，便率同列一道奏事殿中。士选便发表自己的主张:“如今，刘深出师，以有用之民而取无用之地，就令当取，也必须让遣使明白这件事，谕之不从，然后聚粱选兵，视时而动，岂得轻用一人妄言，而致上百万生灵于死地？”
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