1513年1月11日及2月19日，分别接到梵蒂冈教廷大使曼特瓦的两封信请拉斐尔画肖像。2月21日尤利乌斯二世去世，拉斐尔不得不暂时停下签字大厅的工作，不久利奥十世上台之后，拉斐尔首先完成的是埃利奥多罗厅的壁画。7月7日，拉斐尔收到来自新教皇利奥十世给的第一笔佣金——50枚达克特金币。
1514年3月拉斐尔开始装饰另一个房间——博尔戈火灾厅，整个设计包括四个不同的场景，而每幅画都有教皇利奥十世的身影。此项工程开始时间正是布拉曼特去逝当天，利奥十世为了填补布拉曼特负责的空缺而组织了一场竞选。
最终，拉斐尔于4月1日以一年300枚达克特的薪金被暂时任命为圣彼得大教堂的首席建筑师，作为布托曼特继任建筑师的官方聘书以教皇赦书的形式在7月1日颁发。由于缺乏建筑师的实践经验，拉斐尔还得到了两位经验丰富的协作人的帮助——来自维罗纳的弗拉·乔孔多、和来自美第奇的建筑师老朱利亚诺·达·桑加罗。在极短的时间里，他们就帮助拉斐尔增进了建筑的专业知识，并要求他看维特鲁威所设计的建筑经典案例。
1515年6月15日作西斯廷教堂礼拜挂画草稿。8月27日，拉斐尔被任命为罗马古迹保护官，这个职位要求具备广泛的古典建筑、雕塑和绘向的知识，为他以后的室内装饰工作积攒了大量经验[19]。在6月7日回信给伊莎贝拉·蒂斯杜、11月8日回信给卡斯提勇尼、11月30日回信给伊莎贝拉夫人的信上，言及她们期望拉斐尔的“小品”绘画。
1516年在4月1日写给希艾纳的信中，提及画了《巴达沙雷·卡斯提勇尼肖像》等数件作品。1517年画了一幅贵妇人肖像画。10月，以三千金币购入邸宅。1518年在从1月22日至2月5日的信中提及，完成洛伦佐·迪·美第奇肖像。3月1日至6月19日的数封信中记载，完成《圣米卡埃尔与魔鬼》《圣家族》等作品。5月15日购入在罗马的葡萄园。
1519年向利奥十世提出有关罗马遗迹与古代都市地图稿本的保护问题。5月7日领到教廷财务局支付的一千金币。完成七幅西斯廷教堂礼拜挂毡画手稿。同时作油画《拉·弗娜利娜》，以及在罗马的法尔奈塞作宫壁壁画《爱神和三美神》和油画《基督显容》。
1520年，拉斐尔返家发了高烧，但医生只认为他是受了风寒，不久后于4月6日耶稣受难日逝世。