由于路德坚持自己的观点，教皇正式宣布开除路德教籍的通谕。路德在诸侯和市民的支持下决定公开对抗，写了《反对敌基督者的通谕》一文，并于12月10日当众烧毁教皇通谕及一些教律。当时，神圣罗马帝国皇帝查理五世为了在政治上与法国抗衡，希望得到教皇的支持，反对路德的改革。因而在1521年帝国会议上，决定执行教皇通谕，给路德判罪。但由于与会诸侯的反对和路德本人在被审讯时的强硬态度，会议最终决定先放路德离去，然后判罪并下逮捕令。路德在归途中，萨克森选侯腓特烈（Frederick）等人以“拦劫绑架”方式把他送进瓦特堡加以保护。路德在瓦特堡隐居期间，致力于圣经的德语翻译。这时，路德的拥护者已经行动起来，宗教改革运动如燎原之火，迅猛发展。
渴望改革的人们自发奋起。但随着运动的深入，一些权位较高的贵族害怕运动的发展会危及其既得利益，开始动摇。路德对此亦深具同感。
1522年3月他不顾被通缉的身份，从瓦特堡返回维登堡，责备那些行动起来的拥护者“过分了”。他在八次讲道中宣称：“反对以暴力来改革教会。”同年，一些拥护路德的中小贵族，曾以人道主义诗人胡登和骑士济金根为首发动起义。当胡登邀请路德与济金根会见时，路德回答说：“我不愿意靠暴力和流血来维护福音。”对于t.闵采尔领导的农民解放战争，他深恶痛绝，当他要求农民解散被拒绝后，他于1524年发表《为反对叛逆的妖精致萨克森诸侯书》。次年又发表《反对杀人越货的农民暴徒》，号召“无论谁只要力所能及，无论是暗地里也好，公开地也好，都应该把他们戳碎、扼死、刺杀，就象必须打死疯狗一样！”当然，叫贵族去镇压农民是不需要路德教的。
在神学哲学思想方面，路德愈益趋于保守。1525年他发表《论意志的束缚》，驳斥曾支持过他的伊拉斯谟却反而把上帝都包括在内，此事反过来证明了路德对上帝的不敬，伊拉斯谟甚至指路德的书是野蛮的书。他从此便与人文主义分道扬镳。他又为了圣餐的意义和礼仪问题与U.茨温利展开激烈争论。在1529年马尔堡会谈中，路德拒绝了各方包括茨温利提出的内部和解，一致对抗罗马教廷的建议，终于同瑞士宗教改革派分裂。
首先，推动了广大民众的反封建斗争，沉重打击了天主教会和封建势力。在客观上结束了天主教内部的统一，结束了罗马教廷至高无上的统治，新教与天主教，东正教已成为广义基督教中的三大教派。在宗教改革的影响下，欧洲民众开始强调个人信仰的独立，解放了自己的思想，自文艺复兴以来的人文主义得到进一步传播和发展。
其次，建立了各种不同的新教派。新教团体只是基督教的一个分支而且是最小的分支。宗教改革运动所带来的第二个重大结果是随之而来的在欧洲广泛进行的宗教战争，其中有些是叫人难以相信的血腥战争。结果是德国死了八百万人，从此德国的天主教人数变为少数，而德国的前身”神圣罗马帝国没落，二百年后才再组成德意志，而进入现代社会更是在二战之后。即使不考虑这些战争，在随后几个世纪中的欧洲政治舞台上，天主教徒和新教教徒之间的政治斗争都起着一种主要的作用。
最后，在西欧文化发展中还起着一种微妙难言但非常重要的作用。在1517年之前只有一种国教──罗马天主教，不信奉国教者就被带上一顶持异端邪说的帽子，这种气氛肯定不利于思想独立。宗教改革运动以后，变了两种教派，长期斗争的结果是天主教在十七世纪的改革，引入了人民主义的色彩而出现十八世纪法国的自由思想，而基督教却在十八世纪没落而发动其自己的改革，结果产生了宗教思想自由的原则资本主义。