杀害负有招抚使命的重臣及使团成员，是布拉尼敦和霍集占兄弟公开进行叛乱的一个标志性信号，霍集占就此自称“巴图尔汗”，以反对“异教徒”为名，正式宣布叛清，一时间，天山南路黑云压城城欲摧，大有与清廷全面对抗之势。
获悉阿敏道等人被杀，招抚政策归于失败，乾隆悲愤不已，表示绝不会“忍心于死事之臣，而不为之复仇也”，同时他也绝不允许回部趁清军用兵准噶尔之际分裂割据，进而成为又一个准噶尔。不过此时第三次平准战争才刚刚打响，清军主力正集中于准噶尔，暂时无力顾及天山南路，因而当兆惠、成衮扎布等将领先后上书，要求出兵讨伐布拉尼敦和霍集占兄弟时，乾隆还是决定：“俟平定准噶尔后，再行办理。”
自1757年8月以后，准噶尔各地的叛乱被陆续平定，阿睦尔撒纳再次外逃，平准战争已经进入扫尾阶段，在这种情况下，驻准清军开始加紧对平回战争进行准备。
乾隆原定兆惠为主帅，当年年底，他命兆惠为定边将军，车布登扎布为副将军，负责率部平定天山南路的叛乱，但由于平准战争尚未完全结束，准噶尔盆地和伊犁河谷还有相当数量的阿睦尔撒纳叛军没有被消灭，兆惠请求彻底解决这部分叛军后，再进军南路。乾隆准其所请，遂改派兵部尚书雅尔哈善为靖逆将军，统兵对回部进行征讨。
1758年2月，在确证阿睦尔撒纳已死的情况下，乾隆正式下达了进军南路，讨伐回部叛乱的命令。在上一年的平准战争收尾中，清军大开杀戒，曾令西北风云变色，乾隆在怒气渐渐平息后，也感到如此滥杀不仅有损他和所谓“天朝上国”的声誉，也不太利于今后平叛。为了消除影响，分化敌军营垒，以减轻进军阻力，他在相关谕旨中特地申明，此次评判与平准不同，矛头只对准霍集占一人，不会株连当地无辜的普通民众，就连布拉尼敦也可以从宽处理。
按照计划，靖逆将军雅尔哈善将从吐鲁番出发，率一万余人兵进南路。雅尔哈善是平准战争中沙克都尔曼济杀降案的始作俑者，由于当时乾隆还不知道事情真相，才使他得以通过此案申报战功，并先后被授参赞大臣、兵部尚书等职，直至以靖逆将军的身份挂帅征回。
雅尔哈善是文人出身，其实他不太懂将略兵法，打仗主要靠裨将出策出力。虽然乾隆当时还不知道杀降案的真相，但他对雅尔哈善的弱点并非一无所知，之所以仍以此人为前方主帅，不是因为觉得他很强，而是认定敌人比较弱——“准噶尔等既皆铲除，则回部自可招服”。
清军以往出征，惯用“两路出击、一正一奇”的战术，起初廷臣们也仍建议两路进兵，夹攻回部，正好阿睦尔撒纳叛军已被基本消灭，兆惠也能腾出手来了，以兆惠的能力，自然可当一路。可是乾隆却认为讨伐回部不需要太多人手，同时又觉得如果一军两将，反而会造成掣肘，因此否决了廷臣们的建议，并降旨调兆惠回京，以便商办在伊犁驻军的屯田事务。
库车是清军从吐鲁番进入南疆的必经要隘，在原库车城伯克鄂对的引导下，雅尔哈善率部于当年6月进抵库车城下。城内敌将阿卜都克勒木是霍集占的心腹，指挥一千精锐骑兵及城内部众守城，雅尔哈善在招降无效后，即下令四面围城，予以强攻。
此处居民与以游牧为主的蒙古人不同，他们主要以种植小麦等农产品为生，平时都聚居于城堡内，而不是像准噶尔人一样四散游牧。按照雅尔哈善的设想，攻打固定的城池自然要比四处搜捕来得容易多了，大军一到，“自易成功”。殊料城内回兵虽然不多，但阿卜都克勒木守城却颇得古法，而且手下军队的火器也不差，喀什噶尔、叶尔羌乃联系中亚的重要商埠，当时流行于中亚的火器大量流入南疆，使得这批军队普遍都装备有鸟枪（火绳枪），在清军攻城时，他们便不断施放鸟枪，城头枪矢如雨，加上库车倚山而筑，地形险要，给清军攻城造成了极大困难。
火炮向为攻坚利器，但库车城虽是土筑城池，却是用红柳枝条、沙土密筑而成，城墙十分坚厚，连“威远将军”大炮都无法摧毁。除“威远将军”外，清军此次所携的“四大神炮”尚为前明所造，那就更不济事了，由于年代久远，炮身已不太坚固，轰击城池时炮身甚至都会自行裂开。
清军连攻两日，结果毫无成效，让雅尔哈善等人大为吃惊。参赞大臣额敏和卓原为吐鲁番的贵族，早在康熙末年，他即率众归顺清朝，随征这一年已经六十四岁，老爷子不顾年力已衰，始终奋战不止，即便脸上负伤，亦不肯轻下火线。与雅尔哈善等人不同，他对库车城的易守难攻倒是一点都不感到意外，据他介绍说，从前准噶尔围攻库车，用了整整九个月才得以攻克！
可是乾隆皇帝那里有9个月的时间可等，待他得到这个说法之后，只能将主意打到他那位老朋友身上了，于是海宁就收到了这封信件。