而午夜领主战团则按照科兹的密令，集结了所有的子团，重聚了午夜领主军团，满银河的剿杀着那些以信仰之名，满足自己私欲的恶徒。并且极力打击国教的势力。
在讨伐范迪尔之战结束后的一年里，国教的势力被午夜领主们清理了百分之八十以上。
要不是塞巴斯蒂安上任新国教教宗，并且叫停了午夜领主们的行动，国教估计就被完全清理掉了。
结束行动后，午夜子嗣们就再次分散开来。
不过很多人都不知道的是，在讨伐完范迪尔之后，几位原初母团的战团长，曾经前往了泰拉皇宫里，质问禁军们为什么放任范迪尔倒行逆施。
但是禁军表示，只要没有威胁到皇宫，其他的他们都不管。当场让诸位战团长火冒三丈，想对禁军施以老拳的太空野狼头狼，被其他人按住了。
他们没有看到，黄金王座之下的网道中，其他的禁军们与铠甲近卫军团还有寂静修女们，一起在几位闪耀着金色光芒的高大身影带领下，与无穷无尽的魔群鏖战。
叛教时代之后，高领主议会对国教进行了严格的限制，又对阿斯塔特们集结的情况做出抗议，但是在诸母团亮出原体签订的条约后，高领主议会也不得不作罢。
毕竟高领主议会的政治合法性，都是原体赋予的。
慢慢的，时间来到了M41。
自叛教时代后的数千年里，人类帝国好似进入了衰弱期，高领主议会变得保守起来，他们不再愿意开拓帝国领土了。
国教时不时的搞出一些所谓的圣人，和圣地世界。然后被午夜之子进一步敲打一番。
机械教被星汉诸研究学派挤兑，至高领主席位受到被替代的挑战，而且他们也时不时的发生大武斗。
审判庭也经常搞出一些大事，他们变得无比极端，尤其是里面那些乱七八糟的派系。不过好在接手了科拉克斯监察职责的暗鸦之子们，会盯着他们。
人类帝国的边境出现了好几种新的异形种族，那些从万年前大远征，苟活遗留下来的余孽们，也在暗地里掀起了风浪。
比如说在极限星域边境发现的钛族，它们的以太，就疑似是大远征时期，遗留下来的古老遗民。
叛乱者们就像是打不死，又跑得快的小强，他们从来都不和帝国大军正面交锋，打一枪就跑，让各个星区的海军将军们恶心无比。
阿巴顿的每一次所谓远征，都是在帝国大军围堵之下结束。叛乱原体们也闹不出什么风浪。
这群叛乱者们也曾经获得过跃迁引擎和超空间引擎，但是因为星汉那边有设置思维钢印密码，所以他们根本就无法使用。
至于找黑暗机械教仿造也造不出来。
在泰伦星系，从其他河系而来的大吞噬者，在帝国的边境地区肆虐，吞噬了无数隐藏起来的异形种族，然后被异形们祸水东引后。
泰伦虫族的一支触须，被一支集结起来的帝国主力舰队打成了飞灰。
在高领主中工业联盟特使和农业联盟特使的支持下，太阳领主马卡里乌斯发动了自叛教时代后，最大规模的官方性开拓远征，即马卡里安远征，有千余个世界被帝国重新纳入手中。
大量有着人口压力的世界，将多余的人口转移到了新开拓的世界中。
数年后马卡里乌斯离奇死去，马卡里安远征结束，但是午夜领主们突然闯入了泰拉的审判庭总部，处死了数位大审判官。
又杀进了帝国行政部带走了一批高级行政官员。顺手朝刺客庭总部扔了几百个大威力电浆炸弹。
这一次没人敢说什么，因为午夜领主们带着一份御令：炎帝的命令，所有人都不能忘记，人类帝国的最高统治者除了帝皇，还有炎帝。
，第一次阿米吉多顿战役开始，这时的阿米吉多顿依旧是郁郁葱葱，生态没有被已经建立起来的巢都工业摧毁，苹裹龙也即将要破壳而出了。
叛乱原体安格隆袭击了阿米吉多顿，不足两千的太空野狼，和帝国卫队挡住了安格隆与混沌大军的攻击。等待灰骑士战团和太空野狼大部队的增援。
战斗结束后，已经变得无比极端的审判庭，开始对第一次阿米吉多顿保卫战发生的事情进行信息管制。
在接下来名为耻辱之月的事件里，审判庭和灰骑士开始大规模屠杀任何与保卫战有关系的帝国卫队，帝国海军，以及机械教成员。
太空野狼不允许审判庭和灰骑士们的极端行事，然后太空野狼的战舰被灰骑士的战舰攻击了，好几艘战舰沉没。
这一下子就把狼崽子们惹毛了，头狼洛根直接就传送到灰骑士战舰上，剁死了灰骑士大导师。
随后，脑子不清醒的大审判长科斯马洛斯，带领一整支舰队以及整个红猎手战团，前来太空野狼母星芬里斯，下达最后通牒，要令这忤逆了审判庭的战团为自己的罪行进行赎罪远征。
然后他们就被芬里斯上，近万名太空野狼阿斯塔特和狼团的舰队镇压。科斯马洛斯直接被当场斩杀。
太空野狼号召其余子远征战团，对审判庭和灰骑士进行狙杀，那段时间审判庭各个派系都损失惨重。
后来是极限战士，帝国之拳，火蜥蜴三个初创母团来说和，太空野狼才把这件事揭过去。
而在超空间里，陈申看着已经完全稳定下来的超空间，拿着视界刺针整整万年的手，也放松了下来。坚持了这么久，他终于可以离开这里了。