总结起来，嘉靖皇帝笃信道教原因大概有三：其一，他出生在楚地，此地百姓大多迷信鬼神、崇尚巫术。嘉靖皇帝的父亲兴王朱佑杬崇尚道教，与道士来往甚密，所以在地域和父亲的影响下，嘉靖皇帝十分崇尚道教；其二，嘉靖皇帝自幼体弱多病，又因处理政务过度劳累、纵欲过度等诸多原因，使他的身体每况愈下，而道教的各种法事祈福和所谓的灵丹妙药，正好能缓解他疾病的痛苦和增强纵欲的能力（后来证明这些药只会危害身体）；其三，也是所有帝王都梦寐以求的长生不老，嘉靖皇帝深信长生不老药的存在，晚年痴迷于炼丹，疏于朝政。
借由嘉靖皇帝笃信道教的原因，便可知晓他为何不喜欢佛教：从小接受道教教育很难接触到佛教教义；自幼体弱渴望拥有健康的身体，可佛教主张生老病死是人必须承受之苦；想要长生不老，将皇权牢牢掌握在自己手中，但佛教主张此世修行来世福报。这便是嘉靖皇帝灭佛的内因所在。而外因则是因为经宋、元两朝直到明朝嘉靖年间，佛教在中国得到长时间稳定发展，已经在政治、经济、文化上都有重大影响，远远超越嘉靖皇帝所信仰的本土道教。尤其是在文化方面，在书籍、戏剧、诗歌、绘画等方面都大放异彩，最为耳熟能详的作品，便是吴承恩先生所着的《西游记》，其中更有暗讽嘉靖皇帝沉迷炼丹和当时官场黑暗的经典桥段。综上所述，嘉靖皇帝为了重振道教才下令灭佛。
嘉靖皇帝下令对外宣称：佛教是一种异端和邪说，它违背了中国传统的礼仪和乐律，它玷污了中国传统的文学和艺术，它危害了中国传统的祭祀和神明。因此，嘉靖皇帝命令所有的僧人还俗，所有的佛经焚毁，所有的佛像毁坏。这就是中国历史上最后一次大规模的灭佛事件。
金广愿坐在龙椅上思虑了半天也想不出个所以然，于是他选择继续沉默，看能不能蒙混过去。又是许久的沉默之后，严嵩又先开口：“臣恳请陛下决断。”随后徐阶也开口：“臣亦恳请陛下决断。”金广愿眼看着皮球被踢到自己面前，便想到了缓兵之计说道：“此事事关重大，朕会详细考虑，灭佛与否今后再议。”只见严嵩双膝跪地向前移动两步，叩首说道：“正因此事事关重大，还请陛下今日决断。”徐阶同样用双膝向前移动两步，叩首说道：“臣亦恳请陛下今日决断。”这次除两位重臣以外，殿下的文武群臣全部叩首说道：“还请陛下今日决断。”完了，球又被踢回来了，看来是躲不过去了。
金广愿的脑子开始飞快地旋转，按照常理来讲，我是来找经文的，应该选择不灭佛，再让大臣帮我找经文。可是万一这道题要考的是我对历史是否了解的话，我就应该按照历史的原貌选择灭佛。等一下，如果这道题是给地藏王菩萨出的，我就应该按照地藏王菩萨的思维来考虑问题……。又过了许久，大殿之上再次响起众臣催促的声音：“还请陛下今日决断。”金广愿稳住心神，沉稳地说道：“朕心意已定，传朕旨意全国灭佛。”见皇帝有了决断，众臣齐声赞扬：“陛下圣明。”说罢，只见群臣消失了，龙椅消失了，整个大殿也随之消失不见。金广愿发现自己已经盘腿坐在了沙罗双树之下，释迦摩尼世尊就坐在金广愿面前。